Thông tư quy định trường hợp thông quan hàng hóa nhập khẩu phải kiểm dịch; thông quan hàng hóa xuất khẩu phải kiểm dịch; thông quan hàng hoá phải kiểm dịch đối với một số trường hợp khác như: Hàng hoá tạm nhập - tái xuất; hàng hoá tạm xuất - tái nhập; hàng hóa quá cảnh, chuyển khẩu, trung chuyển; hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phi mậu dịch và hàng hóa trao đổi của cư dân biên giới.
Để bảo đảm thực hiện việc thông quan hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phải kiểm dịch có hiệu quả, Thông tư quy định cụ thể trách nhiệm của chủ hàng; trách nhiệm của Chi cục Hải quan trong hoạt động này.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 15/02/2012 và thay thế các nội dung hướng dẫn về thủ tục thông quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phải kiểm dịch nêu tại Thông tư liên tịch số 17/2003/TTLT/BTC-BNN-BTS ngày 14/3/2003 của Bộ Tài chính, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Thủy sản (nay sát nhập với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn).