- Tại làn vào: Người điều khiển phương tiện dừng lại tại cabin làn vào. Nhân viên thu phí phát cho người điều khiển phương tiện Vé vào đường cao tốc (có thể là: thẻ thông minh, vé từ, vé mã vạch,...). Trên vé có ghi các thông tin về địa điểm, tên, mã trạm ngõ vào đường cao tốc, phân loại xe.
- Tại làn ra: Khi phương tiện tiến tới trạm ra, Người điều khiển phương tiện đưa Vé vào đường cao tốc cho nhân viên thu phí, đồng thời, nhận chứng từ thu phí và thanh toán tiền phí.
Mức phí sử dụng đường bộ đường cao tốc thành phố Hồ Chí Minh – Trung Lương được tính theo trọng tải của phương tiện giao thông. Mức phí cụ thể tuỳ theo quãng đường giữa các trạm thu phí phương tiện đi qua (từ 10km đến 40km):
+ Xe dưới 12 ghế ngồi, xe có trọng tải dưới 2 tấn và các loại xe buýt vận tải công cộng: mức phí là 1.000đ/km (mức phí từ 10.000 đồng - 40.000 đồng);
+ Xe từ 12 ghế ngồi đến 30 ghế ngồi, xe có trọng tải từ 2 tấn đến dưới 4 tấn: mức phí là 1.500đ/km (mức phí từ 15.000 đồng - 60.000 đồng);
+ Xe từ 31 ghế ngồi trở lên, xe tải có trọng tải từ 4 tấn đến dưới 10 tấn mức phí là 2.200đ/km (mức phí từ 22.000 đồng đến 88.000 đồng);
+ Xe có trọng tải từ 10 tấn đến dưới 18 tấn và xe chở hàng bằng Container 20fit: mức phí là 4.000đ/km (mức phí từ 40.000 đồng đến 160.000 đồng);
+ Xe tải có trọng tải từ 18 tấn trở lên và xe chở hàng bằng Container 40fit: mức phí là 8.000đ/km (mức phí từ 80.000 đồng đến 320.000 đồng).
Phí sử dụng đường bộ đường cao tốc thành phố Hồ Chí Minh – Trung Lương là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu phí được trích để lại 7% số tiền phí sử dụng đường bộ thực thu được để trang trải cho hoạt động thu phí (Chi tiền ăn giữa ca cho người lao động; Chi bảo hộ lao động hoặc đồng phục; Chi sửa chữa thường xuyên nhà cửa, thiết bị văn phòng, trạm thu phí; Chi tiền vé, ấn chỉ phục vụ thu phí....). Số còn lại (93%) cơ quan thu phí phải nộp vào ngân sách nhà nước theo chương, loại, khoản, mục của mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 07/02/2012. Thời gian bắt đầu thu phí kể từ khi Bộ Giao thông vận tải ban hành Quyết định cho phép thu phí.