Đối với các dịch vụ khám lâm sàng phục vụ giám định y khoa, mức phí trong trường hợp khám giám định thông thường là 1,15 triệu đồng/trường hợp; khám giám định phúc quyết mức phí là 1,368 triệu đồng/trường hợp và khám giám định đặc biệt là 1,513 triệu đồng/trường hợp.
Mức thu phí cao nhất đối với dịch vụ khám cận lâm sàng phục vụ giám định y khoa như: ghi điện não đồ là 253.000 đồng/trường hợp; siêu âm 2D là 188.000 đồng/trường hợp; siêu âm 3D, 4D thu phí cao nhất 313.000 đồng/trường hợp; ghi điện tâm đồ là 173.000 đồng/trường hợp. Đối với chụp phim X-quang mức thu phí giao động từ 165.000 đến 203.000 đồng/trường hợp; chụp cắt lớp 3D (MSCT) mức phí thấp nhất là 2,772 triệu đồng/trường hợp và cao nhất 2,882 triệu đồng/trường hợp..
Cơ quan thu phí được trích 95% số tiền phí thu được trước khi nộp vào ngân sách Nhà nước để trang trải cho việc giám định và thu phí. Phần còn lại 5%, cơ quan thu phí nộp vào ngân sách Nhà nước theo chương, loại, khoản, mục, tiểu mục tương ứng của Mục lục ngân sách Nhà nước hiện hành.
Trường hợp đã thu phí giám định y khoa thì cơ sở giám định sẽ không thu viện phí theo quy định hiện hành.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20/07/2012.