Theo quy định tại Thông tư này, lệ phí cấp giấy phép thành lập mới là 03 triệu đồng /giấy phép, tăng 02 triệu đồng so với trước đây (theo quy định cũ là 01 triệu đồng/giấy phép); lệ phí cấp lại, sửa đổi, bổ sung giấy phép là 1,5 triệu đồng/giấy phép. Đặc biệt, theo quy định mới này, các trường hợp đã được cấp giấy phép, xin gia hạn thêm thời gian hoạt động phải nộp lệ phí 1,5 triệu đồng/ giấy phép (theo quy định trước đây, các trường hợp này không phải nộp lệ phí). Như vậy, mức thu lệ phí cấp giấy phép thành lập, xin gia hạn thời gian hoạt động văn phòng đại diện của thương nhân nước ngoài tại Việt Nam từ ngày 01/10/2012 lần lượt tăng từ 1,5 - 02 triệu đồng.
Cơ quan thu lệ phí nộp 100% tổng số tiền lệ phí thu được vào Ngân sách Nhà nước theo chương, loại, khoản, mục, tiểu mục tương ứng của Mục lục Ngân sách Nhà nước hiện hành. Các khoản chi phí liên quan đến công tác tổ chức thu, thẩm định việc thành lập văn phòng đại diện của thương nhân nước ngoài tại Việt Nam được Ngân sách Nhà nước cấp theo dự toán được duyệt hàng năm.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/10/2012.