Theo quy định tại Thông tư này, thiệt hại thực tế được bồi thường là thiệt hại có thực mà người bị thiệt hại phải gánh chịu, bao gồm: thiệt hại về vật chất và thiệt hại do tổn thất về tinh thần.
Thiệt hại vật chất thuộc trách nhiệm bồi thường của Nhà nước trong hoạt động tố tụng hình sự, bao gồm: thiệt hại do tài sản bị xâm phạm; thiệt hại do thu nhập thực tế bị mất hoặc bị giảm sút; thiệt hại về vật chất do người được bồi thường đã chết; thiệt hại về vật chất do bị tổn hại về sức khỏe; chi phí thực tế người bị thiệt hại đã bỏ ra trong quá trình điều tra, truy tố, xét xử như: chi phí thuê người bào chữa, chi phí tàu xe, đi lại.
Thiệt hại do tổn thất về tinh thần thuộc trách nhiệm bồi thường của Nhà nước trong hoạt động tố tụng hình sự, bao gồm: thiệt hại do tổn thất về tinh thần trong thời gian bị tạm giữ, tạm giam, chấp hành hình phạt tù; thiệt hại do tổn thất về tinh thần trong trường hợp người bị thiệt hại chết; thiệt hại do tổn thất về tinh thần trong trường hợp sức khỏe bị xâm phạm; thiệt hại do tổn thất về tinh thần trong trường hợp bị khởi tố, truy tố, xét xử mà không bị tạm giữ, tạm giam hoặc người thi hành án cải tạo không giam giữ, phạt tù cho hưởng án treo.
Người bị thiệt hại, thân nhân của người bị thiệt hại hoặc người đại diện hợp pháp của họ phải gửi đơn yêu cầu bồi thường thiệt hại đến cơ quan có trách nhiệm bồi thường. Kèm theo đơn yêu cầu bồi thường thiệt hại phải có các giấy tờ: Quyết định, bản án đã có hiệu lực pháp luật làm cơ sở để xác định thuộc trường hợp được bồi thường; Bản chính hoặc bản sao hợp lệ một trong các loại giấy tờ tùy thân của người bị thiệt hại (Trường hợp người bị thiệt hại không trực tiếp gửi đơn yêu cầu bồi thường thiệt hại mà người đại diện hợp pháp của họ thay mặt, thì phải có giấy ủy quyền của người bị thiệt hại và các giấy tờ chứng minh nhân thân của người được ủy quyền như: chứng minh thư nhân dân hoặc xác nhận của chính quyền địa phương nơi người bị thiệt hại cư trú hoặc xác nhận của cơ quan, tổ chức nơi người bị thiệt hại làm việc; Trường hợp người bị thiệt hại chết mà thân nhân của người bị thiệt hại gửi đơn yêu cầu bồi thường, thì phải có các loại giấy tờ chứng minh quan hệ của họ đối với người bị thiệt hại như: hộ khẩu, giấy chứng nhận đăng ký kết hôn, giấy khai sinh, chứng minh thư nhân dân của người yêu cầu bồi thường... hoặc xác nhận của chính quyền địa phương nơi người bị thiệt hại cư trú hoặc xác nhận của cơ quan, tổ chức nơi người bị thiệt hại làm việc xác nhận người bị thiệt hại là thân nhân của người yêu cầu bồi thường); Các tài liệu, chứng từ hợp lệ để chứng minh các khoản chi phí hợp lý, thu nhập của người bị thiệt hại trước khi bị tạm giữ, tạm giam, chấp hành hình phạt tù (nếu có).
Ngoài ra, Thông tư cũng có quy định cụ thể về thương lượng việc bồi thường, cụ thể, trong thời hạn 03 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc việc xác minh thiệt hại, người đại diện thực hiện việc giải quyết bồi thường phải tiến hành thương lượng với người bị thiệt hại hoặc thân nhân của họ. Thời hạn thực hiện việc thương lượng là 30 ngày, kể từ ngày kết thúc việc xác minh thiệt hại; trường hợp vụ việc có nhiều tình tiết phức tạp thì thời hạn thương lượng có thể kéo dài nhưng không quá 45 ngày.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 17/12/2012.