Theo Nghị định này, tổ chức muốn được cấp đăng ký hoạt động tôn giáo phải có đủ các điều kiện sau: Có sinh hoạt tôn giáo ổn định từ 20 năm trở lên kể từ ngày UBND cấp xã chấp nhận sinh hoạt tôn giáo, không vi phạm các quy định về tín ngưỡng, tôn giáo; có giáo lý, giáo luật, lễ nghi, đường hướng hành đạo và hoạt động gắn bó với dân tộc; không thuộc hoặc trùng tên tổ chức tôn giáo đã được cơ quan có thẩm quyền công nhận; có người đại diện là công dân Việt Nam… Chủ thể có thẩm quyền công nhận tổ chức tôn giáo là Thủ tướng Chính phủ đối với tổ chức có phạm vi hoạt động ở nhiều tỉnh, thành phố; chủ tịch UBND cấp tỉnh đối với tổ chức có phạm vi hoạt động chủ yếu ở một tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
Đồng thời, Nghị định cũng quy định thời hạn để công nhận tổ chức tôn giáo là 03 năm kể từ ngày được cấp đăng ký hoạt động tôn giáo mà không vi phạm các quy định của pháp luật. Trường hợp tổ chức tôn giáo vi phạm quy định về an ninh quốc gia, trật tự công cộng, tính mạng, sức khỏe, tài sản người khác… thì sẽ không được xét công nhận mà phải đăng ký lại và xin xét công nhận sau 01 năm tiếp theo.
Trong Nghị định này, Chính phủ yêu cầu người đại diện hoặc ban quản lý các cơ sở tín ngưỡng, tổ chức tôn giáo cơ sở có trách nhiệm gửi bản đăng ký hoạt động tôn giáo diễn ra vào năm sau đến UBND cấp xã trước ngày 15/10 hàng năm. Nghị định này thay thế Nghị định số 22/2005/NĐ-CP ngày 01/03/2005 và có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2013.