Theo Thông tư, các đối tượng được miễn học môn GDQP-AN, bao gồm: Sinh viên có giấy chứng nhận sĩ quan dự bị hoặc bằng tốt nghiệp học viện, trường sĩ quan quân đội, công an; học sinh, sinh viên là người nước ngoài; học sinh, sinh viên đào tạo văn bằng 2, trình độ trung cấp chuyên nghiệp, đại học, cao đẳng.
Đối tượng được miễn học và miễn thi các học phần: Học sinh, sinh viên chuyển trường, sinh viên đào tạo liên thông hoặc hoàn thiện trình độ cao hơn được miễn học và thi các học phần đã học.
Đối tượng được miễn học và miễn thi thực hành kỹ năng quân sự, bao gồm: Học sinh, sinh viên là tu sĩ thuộc các tôn giáo; học sinh, sinh viên có thương tật, khuyết tật bẩm sinh, bị bệnh mãn tính làm hạn chế chức năng vận động, có giấy chứng nhận của bệnh viện cấp huyện và tương đương trở lên; học sinh, sinh viên đã hoàn thành nghĩa vụ quân sự, có giấy xuất ngũ do đơn vị quân đội có thẩm quyền cấp.
Đối tượng được tạm hoãn học, gồm: Học sinh, sinh viên Việt Nam đang học tập ở nước ngoài hoặc đang học tập tại các trường của nước ngoài, trường liên doanh, liên kết với nước ngoài tại Việt Nam; học sinh, sinh viên bị ốm đau, tai nạn, thiên tai, hỏa hoạn; học sinh, sinh viên là phụ nữ đang mang thai và thời gian nghỉ thai sản theo quy định hiện hành.
Đồng thời, Thông tư cũng quy định việc quản lý môn học và tổ chức dạy, học như sau: Sở Giáo dục và Đào tạo quản lý, chỉ đạo, triển khai thực hiện các quy định của pháp luật về GDQP-AN cho học sinh các trường trung học phổ thông, trường phổ thông có nhiều cấp học có cấp học trung học phổ thông và trường trung cấp chuyên nghiệp tại địa phương. Trường trung cấp chuyên nghiệp tổ chức bộ môn hoặc bộ môn ghép phải có biên chế giáo viên để quản lý và tổ chức dạy, học GDQP-AN; những trường chưa tổ chức bộ môn, cử cán bộ quản lý chương trình GDQP-AN để tổ chức liên kết đào tạo. Trường cao đẳng, đại học hoặc trường quân sự có trung tâm GDQP-AN, tổ chức quản lý và thực hiện toàn diện môn học GDQP-AN cho sinh viên. Các trường cao đẳng, đại học không có trung tâm GDQP-AN, tổ chức khoa, bộ môn và thực hiện theo quy định về liên kết GDQP-AN của các cơ sở giáo dục đại học hiện hành.
Cũng theo Thông tư này, việc đánh giá kết quả học tập GDQP-AN đối với học sinh cấp trung học phổ thông, thực hiện theo Quy chế đánh giá, xếp loại học sinh trung học cơ sở và học sinh trung học phổ thông hiện hành; đối với học sinh trình độ trung cấp chuyên nghiệp thực hiện theo Quy chế đào tạo trung cấp chuyên nghiệp hiện hành; đánh giá kết quả học tập GDQP-AN cho sinh viên trình độ cao đẳng, đại học theo Quy chế đào tạo đại học và cao đẳng hệ chính quy hiện hành.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 04 tháng 01 năm 2013 và thay thế Quyết định số 69/2007/QĐ-BGDĐT ngày 14 tháng 11 năm 2007 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo Quy định tổ chức dạy học và đánh giá kết quả học tập môn học Giáo dục quốc phòng - an ninh.