Quyết định quy định 04 mức phụ cấp, cụ thể: Mức phụ cấp 25% áp dụng đối với Giám thị, Chính trị viên, Phó giám thị trại giam, trại tạm giam; Trợ lý giam giữ, Trợ lý giáo dục, Đội trưởng, Đội phó, Tổ trưởng, Quản giáo, Vệ binh, Cảnh vệ tư pháp, Bác sĩ, nhân viên quân y khám chữa bệnh cho phạm nhân và bị can ở các trại giam, trại tạm giam. Đối với cán bộ, chiến sĩ trực tiếp làm các công việc còn lại ở các trại giam, trại tạm giam được hưởng mức phụ cấp 20%. Mức phụ cấp 15% áp dụng đối với cán bộ thuộc Cơ quan Quản lý thi hành án hình sự Bộ Quốc phòng và Cơ quan Thi hành án hình sự cấp Quân khu làm công tác lãnh đạo, chỉ huy, tham mưu, kiểm tra công tác trại giam, trại tạm giam, nhà tạm giữ. Cán bộ, chiến sĩ làm các công việc ở các nhà tạm giữ, nhà tạm giữ có buồng tạm giam sẽ được hưởng mức phụ cấp 10%.
Mức phụ cấp đặc thù quy định nêu trên được tính trên mức lương cấp bậc quân hàm, ngạch bậc hiện hưởng hoặc phụ cấp quân hàm cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo và phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có).
Chế độ phụ cấp đặc thù được chi trả cùng kỳ lương, phụ cấp quân hàm hàng tháng và không dùng để tính đóng, hưởng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế.
Khi chuyển công tác khác mà không giữ các chức vụ, chức danh quy định cho các đối tượng nêu trên hoặc nghỉ chuẩn bị hưu hoặc thôi phục vụ trong quân đội thì thôi hưởng phụ cấp đặc thù từ tháng tiếp theo.
Quyết định cũng quy định rõ thời gian không được tính hưởng phụ cấp đặc thù gồm: Thời gian đi công tác, làm việc học tập ở nước ngoài được hưởng tiền lương theo quy định tại Khoản 4 Điều 8 Nghị định số 204/2004/NĐ-CP; thời gian nghỉ việc không hưởng lương liên tục từ 01 tháng trở lên; thời gian nghỉ việc hưởng bảo hiểm xã hội theo quy định của pháp luật về bảo hiểm xã hội; thời gian bị đình chỉ công tác hoặc bị tạm giữ, tạm giam.
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/3/2013.