Nghị định quy định các cơ quan thực hiện chức năng thanh tra ngành Giao thông vận tải bao gồm: Cơ quan thanh tra nhà nước: Thanh tra Bộ Giao thông vận tải và Thanh tra Sở Giao thông vận tải; Cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành: Tổng cục Đường bộ Việt Nam; Cục Đường sắt Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam và Cục Hàng hải Việt Nam; Chi cục Đường thủy nội địa thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam; Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải và Cảng vụ Đường thủy nội địa thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam; Cơ quan quản lý đường bộ ở khu vực thuộc Tổng cục Đường bộ Việt Nam.
Thanh tra Bộ căn cứ yêu cầu nhiệm vụ công tác của ngành Giao thông vận tải trình Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Hướng dẫn Kế hoạch thanh tra ngành Giao thông vận tải. Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải ban hành Hướng dẫn Kế hoạch thanh tra ngành Giao thông vận tải trước ngày 15 tháng 10 hàng năm. Kế hoạch thanh tra của cơ quan cấp dưới nếu có sự chồng chéo với kế hoạch thanh tra của cơ quan cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch thanh tra của cơ quan cấp trên.
Cuộc thanh tra chuyên ngành do Thanh tra sở, Chi cục thuộc Sở tiến hành không quá 30 ngày; trường hợp phức tạp có thể kéo dài hơn, nhưng không quá 45 ngày. Thời hạn cuộc thanh tra chuyên ngành do Tổng cục Đường bộ Việt Nam, Cục Hàng không Việt Nam, Cục Hàng hải Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cục Đường sắt Việt Nam tiến hành tối đa là 45 ngày, trường hợp phức tạp có thể kéo dài hơn, nhưng không quá 70 ngày. Thời hạn cuộc thanh tra chuyên ngành do Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải, Cảng vụ Đường thủy nội địa, Chi cục Đường thủy nội địa, cơ quan quản lý đường bộ ở khu vực tiến hành tối đa là 30 ngày và không quá 45 ngày đối với trường hợp phức tạp.
Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày ban hành kết luận thanh tra hoặc nhận được kết luận thanh tra, Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành, Giám đốc Sở Giao thông vận tải có trách nhiệm tổ chức chỉ đạo việc thực hiện kết luận thanh tra.
Trong trường hợp thanh tra chuyên ngành độc lập đối với mỗi đối tượng thanh tra thì thời hạn là 05 ngày làm việc, kể từ ngày tiến hành thanh tra; trong trường hợp cần thiết được được gia hạn thêm tối đa 05 ngày làm việc.
Thanh tra ngành Giao thông vận tải có cờ hiệu, trang phục, phù hiệu, cấp hiệu, biển hiệu riêng; được bố trí trụ sở làm việc, trang cấp cơ sở vật chất kỹ thuật, phương tiện và trang thiết bị chuyên dùng để phục vụ công tác thanh tra, xử phạt vi phạm hành chính.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 28/9/2013 và thay thế Nghị định số 136/2004/NĐ-CP ngày 16/6/2004.