Thông tư quy định nội dung công tác bảo trì công trình hàng hải gồm: Kiểm tra công trình hàng hải để đánh giá hiện trạng công trình nhằm phát hiện các dấu hiệu hư hỏng của công trình, xác định cấp bảo trì; quan trắc công trình hàng hải; bảo dưỡng công trình hàng hải: bảo dưỡng thường xuyên, bảo dưỡng định kỳ; kiểm định chất lượng công trình hàng hải: kiểm định định kỳ 05 năm một lần và kiểm định đột xuất; sửa chữa công trình hàng hải: sửa chữa định kỳ, sửa chữa đột xuất, sửa chữa nhỏ, sửa chữa vừa và sửa chữa lớn.
Các cấp bảo trì công trình hàng hải gồm: Cấp duy tu, bảo dưỡng (tiến hành thường xuyên hoặc định kỳ để đề phòng hư hỏng của từng chi tiết, bộ phận công trình hàng hải); cấp sửa chữa nhỏ (tiến hành khi có hư hỏng ở một số chi tiết của bộ phận công trình hàng hải nhằm khôi phục chất lượng ban đầu của các chi tiết đó); cấp sửa chữa vừa (tiến hành khi có hư hỏng hoặc xuống cấp ở một số bộ phận công trình hàng hải nhằm khôi phục chất lượng ban đầu của các bộ phận công trình đó) và cấp sửa chữa lớn (tiến hành khi có hư hỏng hoặc xuống cấp ở nhiều bộ phận công trình nhằm khôi phục chất lượng ban đầu của công trình).
Thông tư còn quy định cụ thể về tài liệu phục vụ bảo trì công trình hàng hải; trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân có liên quan trong công tác bảo trì công trình hàng hải; yêu cầu về bảo trì công trình hàng hải; lập, phê duyệt và tổ chức thực hiện kế hoạch bảo trì công trình hàng hải do Bộ Giao thông vận tải quản lý; lập, phê duyệt và tổ chức thực hiện kế hoạch bảo trì công trình hàng hải do các Bộ, ngành, địa phương và tổ chức, cá nhân khác quản lý; công trình, bộ phận công trình hàng hải bắt buộc phải quan trắc trong quá trình khai thác, sử dụng; quy định về sử dụng đối với công trình hết tuổi thọ thiết kế; thủ tục chấp thuận tiếp tục sử dụng đối với công trình hàng hải hết tuổi thọ thiết kế; xử lý đối với công trình, bộ phận công trình hàng hải không bảo đảm an toàn cho việc khai thác, sử dụng; áp dụng quy chuẩn, tiêu chuẩn kỹ thuật, định mức trong công tác bảo trì công trình hàng hải; kiểm tra việc thực hiện bảo trì công trình hàng hải; báo cáo việc thực hiện bảo trì công trình; quản lý chất lượng công tác bảo trì công trình; kinh phí bảo trì công trình hàng hải.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 9 năm 2013.