Theo đó, việc chứng minh là đối tượng cư trú của nước khác được căn cứ vào Giấy chứng nhận cư trú. Trường hợp cá nhân thuộc nước hoặc vùng lãnh thổ đã ký kết Hiệp định thuế với Việt Nam không có quy định cấp Giấy chứng nhận cư trú thì cá nhân cung cấp bản chụp Hộ chiếu để chứng minh thời gian cư trú.
Về kỳ tính thuế, đối với cá nhân cư trú áp dụng kỳ tính thuế theo năm đối với người có với thu nhập từ kinh doanh, tiền lương, tiền công; áp dụng kỳ tính thuế theo từng lần phát sinh thu nhập đối với người có thu nhập từ đầu tư vốn, thu nhập từ chuyển nhượng vốn, thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, thu nhập từ trúng thưởng, thu nhập từ bản quyền, thu nhập từ nhượng quyền thương mại, thu nhập từ thừa kế, thu nhập từ quà tặng. Người có thu nhập từ chuyển nhượng chứng khoán có thể lựa chọn kỳ tính thuế theo từng lần phát sinh hoặc theo năm. Kỳ tính thuế đối với cá nhân không cư trú được tính theo từng lần phát sinh thu nhập.
Theo Thông tư, trường hợp tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công cho người lao động không bao gồm thuế thì phải quy đổi thu nhập không bao gồm thuế thành thu nhập tính thuế theo Phụ lục số 02/PL-TNCN ban hành kèm theo Thông tư này để xác định thu nhập chịu thuế. Cụ thể: Thu nhập làm căn cứ quy đổi thành thu nhập tính thuế là thu nhập thực nhận cộng (+) các khoản lợi ích do người sử dụng lao động trả thay cho người lao động (nếu có) trừ (-) các khoản giảm trừ. Trường hợp trong các khoản trả thay có tiền thuê nhà thì tiền thuê nhà tính vào thu nhập làm căn cứ quy đổi bằng số thực trả nhưng không vượt quá 15% tổng thu nhập chịu thuế tại đơn vị (chưa bao gồm tiền thuê nhà).
Đối với thu nhập từ hoạt động đại lý xổ số, từ đại lý bảo hiểm, từ bán hàng đa cấp: Công ty Xổ số kiến thiết thực hiện khấu trừ thuế thu nhập cá nhân theo tỷ lệ trên thu nhập tính thuế hàng tháng của cá nhân như sau: nếu thu nhập tính thuế đến 09 triệu đồng thì tỷ lệ khấu trừ là 0%, nếu thu nhập trên 09 triệu đồng thì tỷ lệ khấu trừ là 5%; doanh nghiệp bảo hiểm, doanh nghiệp bán hàng đa cấp thực hiện khấu trừ thuế thu nhập cá nhân theo tỷ lệ trên thu nhập tính thuế hàng tháng của cá nhân như sau: nếu thu nhập tính thuế đến 09 triệu đồng thì tỷ lệ khấu trừ là 0%, nếu thu nhập trên 09 triệu đồng đến 20 triệu đồng thì tỷ lệ khấu trừ là 5%, nếu thu trên 20 triệu đồng thì tỷ lệ khấu trừ là 10%.
Về hồ sơ chứng minh người phụ thuộc: Đối với con dưới 18 tuổi, hồ sơ chứng minh là bản chụp Giấy khai sinh và bản chụp Chứng minh nhân dân (nếu có); con từ 18 tuổi trở lên bị khuyết tật, không có khả năng lao động, hồ sơ chứng minh còn có thêm bản chụp Giấy xác nhận khuyết tật; con đang theo học tại các bậc học, hồ sơ chứng minh cần có thêm bản chụp Thẻ sinh viên hoặc bản khai có xác nhận của nhà trường hoặc giấy tờ khác chứng minh đang theo học tại các trường học đại học, cao đẳng, trung học chuyên nghiệp, trung học phổ thông hoặc học nghề. Trường hợp là con nuôi, con ngoài giá thú, con riêng thì ngoài các giấy tờ nêu trên, hồ sơ chứng minh cần có thêm giấy tờ khác để chứng minh mối quan hệ như: bản chụp quyết định công nhận việc nuôi con nuôi, quyết định công nhận việc nhận cha, mẹ, con của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Đối với vợ hoặc chồng, hồ sơ chứng minh gồm bản chụp Chứng minh nhân dân, bản chụp sổ hộ khẩu hoặc Bản chụp Giấy chứng nhận kết hôn (nếu vợ hoặc chồng trong độ tuổi lao động thì ngoài các giấy tờ nêu trên cần có thêm giấy tờ chứng minh người phụ thuộc không có khả năng lao động như bản chụp Giấy xác nhận khuyết tật, bản chụp hồ sơ bệnh án đối với người mắc bệnh không có khả năng lao động (như bệnh AIDS, ung thư, suy thận mãn,..). Đối với cha đẻ, mẹ đẻ, cha vợ, mẹ vợ (hoặc cha chồng, mẹ chồng), cha dượng, mẹ kế, cha nuôi hợp pháp, mẹ nuôi hợp pháp hồ sơ chứng minh gồm bản chụp Chứng minh nhân dân, giấy tờ hợp pháp để xác định mối quan hệ của người phụ thuộc với người nộp thuế như bản chụp sổ hộ khẩu, giấy khai sinh, quyết định công nhận việc nhận cha, mẹ, con của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền. Đối với người nộp thuế làm việc trong các tổ chức kinh tế, các cơ quan hành chính, sự nghiệp có bố, mẹ, vợ (hoặc chồng), con và những người khác thuộc diện được tính là người phụ thuộc đã khai rõ trong lý lịch của người nộp thuế thì hồ sơ chứng minh người phụ thuộc chỉ cần Tờ khai đăng ký người phụ thuộc theo mẫu có xác nhận của Thủ trưởng đơn vị vào bên trái tờ khai.
Tài liệu để chứng minh các khoản đóng góp từ thiện, nhân đạo, khuyến học được trừ vào thu nhập chịu thuế đối với thu nhập từ kinh doanh, từ tiền lương, tiền công trước khi tính thuế của người nộp thuế là chứng từ thu hợp pháp của tổ chức, cơ sở chăm sóc, nuôi dưỡng trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt khó khăn, người khuyết tật, người già không nơi nương tựa, quỹ từ thiện, quỹ nhân đạo, quỹ khuyến học của Trung ương hoặc quỹ của cấp tỉnh. Các khoản đóng góp từ thiện, nhân đạo, khuyến học phát sinh vào năm nào được giảm trừ vào thu nhập chịu thuế của năm tính thuế đó, nếu giảm trừ không hết không được trừ vào thu nhập chịu thuế của năm tính thuế tiếp theo.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 10 năm 2013. Các nội dung về chính sách thuế thu nhập cá nhân quy định tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập cá nhân và Nghị định số 65/2013/NĐ-CP có hiệu lực từ thời điểm Luật, Nghị định có hiệu lực (01/7/2013). Bãi bỏ hướng dẫn về thuế thu nhập cá nhân tại các Thông tư số 84/2008/TT-BTC ngày 30/9/2008, 10/2009/TT-BTC ngày 21/01/2009, 42/2009/TT-BTC ngày 09/3/2009, 62/2009/TT-BTC ngày 27/3/2009, 161/2009/TT-BTC ngày 12/8/2009, 164/2009/TT-BTC ngày 13/8/2009, 02/2010/TT-BTC ngày 11/01/2010, 12/2011/TT-BTC ngày 26/01/2011, 78/2011/TT-BTC ngày 08/6/2011, 113/2011/TT-BTC ngày 04/8/2011 của Bộ Tài chính.
Việc giải quyết những tồn tại, vướng mắc về thuế thu nhập cá nhân phát sinh trước ngày 01 tháng 7 năm 2013 tiếp tục thực hiện theo quy định tại các văn bản hướng dẫn có hiệu lực cùng thời điểm.
Việc áp dụng tỷ lệ thu nhập chịu thuế ấn định đối với cá nhân kinh doanh được thực hiện thống nhất từ ngày 01 tháng 01 năm 2014.