Theo Thông tư, Ngân hàng Nhà nước tái cấp vốn trên cơ sở trái phiếu đặc biệt nhằm mục đích hỗ trợ nguồn vốn hoạt động của tổ chức tín dụng trong quá trình xử lý nợ xấu theo Nghị định số 53/2013/NĐ-CP. Các tổ chức tín dụng được Ngân hàng nhà nước quyết định tái cấp vốn khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau: là tổ chức tín dụng được thành lập và hoạt động theo quy định của Luật các tổ chức tín dụng (trừ tổ chức tín dụng 100% vốn nước ngoài, tổ chức tín dụng liên doanh), không bị đặt vào tình trạng kiểm soát đặc biệt; sở hữu hợp pháp trái phiếu đặc biệt chưa được Công ty Quản lý tài sản thanh toán; trích lập dự phòng rủi ro đối với trái phiếu đặc biệt theo quy định tại Nghị định số 53/2013/NĐ-CP của Chính phủ và hướng dẫn của Ngân hàng Nhà nước. Mức tái cấp vốn đối với tổ chức tín dụng trên cơ sở mệnh giá trái phiếu đặc biệt do Thống đốc Ngân hàng Nhà nước quyết định căn cứ vào mục tiêu điều hành chính sách tiền tệ, kết quả trích lập dự phòng rủi ro đối với trái phiếu đặc biệt và kết quả xử lý nợ xấu nhưng không vượt quá 70% so với mệnh giá trái phiếu đặc biệt. Lãi suất tái cấp vốn do Thủ tướng Chính phủ quyết định trong từng thời kỳ. Thời hạn tái cấp vốn dưới 12 tháng nhưng không vượt quá thời hạn còn lại của trái phiếu đặc biệt.
Thông tư cũng quy định các nội dung và trình tự tái cấp vốn hoặc gia hạn tái cấp vốn, trả nợ vay tái cấp vốn, xử lý đối với việc tổ chức tín dụng không trả nợ đúng hạn, trách nhiệm của các tổ chức tín dụng, Công ty Quản lý tài sản của các tổ chức tín dụng Việt Nam và các đơn vị thuộc Ngân hàng Nhà nước.
Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 9 năm 2013.