Ngoài nội dung Danh mục vật tư y tế thuộc phạm vi thanh toán của Quỹ bảo hiểm y tế, Thông tư còn quy định Trách nhiệm xây dựng Danh mục vật tư y tế thuộc phạm vi thanh toán của Quỹ bảo hiểm y tế đối với từng cơ sở khám bệnh, chữa bệnh; Nguyên tắc áp dụng và cách thức thanh toán và đặc biệt là quy định rõ việc áp dụng và thanh toán trong một số trường hợp cụ thể, như:
Đối với các loại vật tư y tế khó định lượng khi sử dụng, chưa quy định định mức sử dụng tối thiểu: cơ sở khám bệnh, chữa bệnh xây dựng và thống nhất với Bảo hiểm xã hội về định mức sử dụng tối thiểu cho các dịch vụ kỹ thuật có sử dụng loại vật tư y tế này theo nguyên tắc bảo đảm đủ số lượng để thực hiện dịch vụ kỹ thuật, phù hợp với chế độ lưu giữ, bảo quản và thuận lợi trong thanh toán.
Đối với các vật tư y tế có đơn vị tính là “bộ” mà có nhiều hạng mục hay bộ phận đi kèm thì các vật tư y tế đi kèm đều được thanh toán bảo hiểm y tế. Nếu giá của các loại vật tư y tế đi kèm được tính riêng lẻ thì thanh toán theo giá từng loại; nếu giá đã được tính trọn gói theo đơn vị là “bộ” thì không tách riêng từng loại để thanh toán thêm. Trường hợp chỉ sử dụng một phần hay một bộ phận của “bộ” thì thanh toán theo giá thành của bộ phận được sử dụng cho người bệnh nếu có giá riêng của từng bộ phận; nếu không có giá riêng cho từng bộ phận được sử dụng thì căn cứ vào giá mua sắm và tính chất đặc thù của từng bộ phận, cơ sở khám bệnh, chữa bệnh và Bảo hiểm xã hội trao đổi, thống nhất mức thanh toán cho bộ phận đó.
Thanh toán đối với các loại vật tư y tế sử dụng trong các dịch vụ kỹ thuật cao, chi phí lớn theo Danh mục dịch vụ kỹ thuật cao, chi phí lớn do Bộ Y tế quy định: Trường hợp chi phí của các loại vật tư y tế này đã bao gồm trong giá dịch vụ kỹ thuật thì không tính riêng để thanh toán theo nguyên tắc quy định tại Điểm c Khoản 1 Điều này; Trường hợp chưa bao gồm trong giá dịch vụ kỹ thuật thì Quỹ bảo hiểm y tế thanh toán riêng theo nguyên tắc quy định tại Điểm d Khoản 1 Điều này nhưng không vượt quá mức hưởng quy định đối với trường hợp có sử dụng dịch vụ kỹ thuật cao, chi phí lớn.
Đối với các loại vật tư y tế sử dụng nhiều lần: Đối với các vật tư y tế có thể tái sử dụng mà có hướng dẫn về quy trình tái sử dụng, số lần tái sử dụng của Bộ Y tế thì thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Y tế; Đối với các vật tư y tế có thể tái sử dụng mà chưa có hướng dẫn về quy trình tái sử dụng, số lần tái sử dụng của Bộ Y tế hoặc của nhà sản xuất thì Giám đốc bệnh viện căn cứ vào yêu cầu chuyên môn, thực tế sử dụng, theo đề xuất của Hội đồng thuốc và điều trị và thống nhất với Bảo hiểm xã hội để quyết định về số lần tái sử dụng. Giá thanh toán mỗi lần sử dụng là như nhau và được xác định bằng tổng giá trị vật tư y tế cộng với chi phí hấp, sấy, khử khuẩn của các lần tái sử dụng chia cho tổng số lần sử dụng.
Đối với những vật tư y tế có nhiều chủng loại, nhiều mức giá khác nhau, dải giá rộng như khớp, ổ khớp nhân tạo, đĩa đệm, đốt sống nhân tạo, xương nhân tạo, máy tạo nhịp, máy tạo nhịp có và không có phá rung cấy vào cơ thể, thủy tinh thể nhân tạo: Giám đốc bệnh viện căn cứ vào yêu cầu chuyên môn, thực tế sử dụng, theo đề xuất của Hội đồng thuốc và điều trị và thống nhất với Bảo hiểm xã hội để lựa chọn, quyết định các loại vật tư y tế phù hợp, đáp ứng yêu cầu chuyên môn và khả năng chi trả của Quỹ bảo hiểm y tế.
Đối với thủy tinh thể nhân tạo Toric: Chỉ sử dụng trong phẫu thuật thay thủy tinh thể có kèm theo loạn thị giác mạc.
Ngoài ra Thông tư cũng quy định rõ trách nhiệm của các cơ sở khám chữa bệnh, các Sở Y tế và Cơ quan bảo hiểm xã hội. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 11 năm 2013. Bãi bỏ Quyết định số 6282/2003/QĐ-BYT ngày 08/12/2003 của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc ban hành Danh mục vật tư y tế tiêu hao được Bảo hiểm xã hội (Bảo hiểm y tế) thanh toán và Quyết định số 21/2008/QĐ-BYT ngày 09/6/2008 của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc ban hành Danh mục vật tư y tế tiêu hao, vật tư y tế thay thế trong khám bệnh, chữa bệnh kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.