Theo Nghị định, tổ chức , cá nhân có hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực khí tượng thuỷ văn, đo đạc và bản đồ bị áp dụng một trong các hình thức xử phạt chính: cảnh cáo, phạt tiền hoặc tước quyền sử dụng giấy phép từ 03 tháng đến 12 tháng. Mức phạt tiền tối đa đối với một hành vi vi phạm là 50 triệu đồng đối với cá nhân và 100 triệu đồng đối với tổ chức. Trong cùng một hành vi vi phạm, mức phạt tiền đối với tổ chức gấp 02 lần mức phạt tiền đối với cá nhân.
Cụ thể, trong lĩnh vực khí tượng thuỷ văn, phạt tiền từ 100.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi cắm đăng đó, đánh bắt thuỷ sản thuộc phạm vi hành lang an toàn kỹ thuật của công trình khí tượng thuỷ văn; phạt tiền từ 03 triệu đồng đến 05 triệu đồng đối với hành vi thay đổi trụ sở cơ quan được cấp giấy phép mà không thông báo với cơ quan quản lý nhà nước về khí tượng thuỷ văn; phạt tiền từ 13 triệu đồng đến 15 triệu đồng đối với hành vi không cung cấp thông tin vận hành hồ chứa cho cơ quan dự báo khí tượng thuỷ văn theo quy định…; cao nhất là mức phạt từ 40 triệu đến 50 triệu đồng đối với hành vi làm sai lệch nội dung bản tin dự báo áp thấp nhiệt đới, bão, lũ do cơ quan có thẩm quyền cung cấp mà gây hậu quả nghiêm trọng.
Đối với hành vi vi phạm hành chính trong lĩnh vực đo đạc và bản đồ phạt tiền từ 100.000 đồng đến 500.000 đồng đối với hành vi không báo cáo với Uỷ ban nhân dân cấp xã khi sử dụng điểm đo đạc cơ sở; phạt tiền từ 15 triệu đồng đến 20 triệu đồng đối với hành vi giả mạo số liệu đo đạc mà chưa đến mức bị truy cứu trách nhiệm hình sự; phạt tiền từ 40 triệu đồng đến 50 triệu đồng đối với hành vi sản xuất và cung ứng các thông tin, dữ liệu sản phẩm đo đạc và bản đồ thể hiện không đúng đường biên giới quốc gia, chủ quyền, lãnh thổ, lãnh hải của nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam.
Về thẩm quyền xử phạt, Nghị định quy định Thanh tra viên chuyên ngành được quyền phạt tiền đến 500.000 đồng, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cấp xã có quyền phạt tiền đến 05 triệu đồng, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cấp huyện, Chánh Thanh tra Sở Tài nguyên và Môi trường có quyền phạt tiền đến 25 triệu đồng, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cấp tinh, Chánh thanh tra Bộ Tài nguyên và Môi trường có quyền phạt tiền đến 50 triệu đồng.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2014, thay thế các Nghị định số 61/2008/NĐ-CP và Nghị định số 30/2005/NĐ-CP.