Trong việc tổ chức thực hiện pháp điển, tổ chức pháp chế thuộc Bộ, cơ quan ngang Bộ, Cục Kiểm tra văn bản quy phạm pháp luật thuộc Bộ Tư pháp có trách nhiệm tổ chức thực hiện pháp điển thuộc thẩm quyền của Bộ, cơ quan ngang Bộ như sau: Giúp Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ lập Đề nghị xây dựng đề mục; Chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan xây dựng, trình Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ ban hành kế hoạch chung để thực hiện pháp điển và phân công đơn vị thực hiện; theo dõi, đôn đốc và kiểm tra việc thực hiện kế hoạch; Tổ chức kiểm tra kết quả pháp điển tại Bộ, cơ quan ngang Bộ; Chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan thuộc Bộ, cơ quan ngang Bộ giúp Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ ký hợp đồng và quản lý đội ngũ cộng tác viên thực hiện pháp điển.
Việc lập đề nghị xây dựng đề mục do tổ chức pháp chế chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan lập Đề nghị xây dựng đề mục theo Điều 7 Nghị định số 63/2013/NĐ-CP, cụ thể: Xác định văn bản có giá trị pháp lý cao nhất điều chỉnh một nhóm quan hệ xã hội nhất định để xác định tên đề mục và chủ đề để sắp xếp đề mục; Lập Danh mục văn bản dự kiến đưa vào đề mục được sắp xếp theo thứ bậc hiệu lực pháp lý từ cao xuống thấp và theo mẫu số 01 kèm theo Thông tư này; Trình Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ để gửi lấy ý kiến của cơ quan liên quan về Đề nghị xây dựng đề mục; Hoàn thiện Đề nghị xây dựng đề mục trình Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ xem xét, quyết định gửi Bộ Tư pháp theo quy định tại Khoản 1 Điều 7 Nghị định số 63/2013/NĐ-CP.
Về xây dựng kế hoạch và phân công đơn vị thực hiện pháp điển: Căn cứ Quyết định của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Danh mục các đề mục trong mỗi chủ đề và phân công cơ quan thực hiện pháp điển theo các đề mục, tổ chức pháp chế xây dựng, trình Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ ban hành kế hoạch chung để thực hiện pháp điển của Bộ, cơ quan ngang Bộ và phân công đơn vị thực hiện; Cơ quan được phân công chủ trì thực hiện pháp điển phối hợp với cơ quan liên quan xây dựng, ban hành kế hoạch thực hiện pháp điển đối với mỗi đề mục. Kế hoạch thực hiện pháp điển xác định cụ thể cơ quan thực hiện pháp điển đối với từng văn bản trong đề mục.
Đơn vị thực hiện pháp điển thu thập văn bản trên cơ sở kết quả rà soát văn bản, cơ quan thực hiện pháp điển xác định nội dung mâu thuẫn, chồng chéo hoặc không còn phù hợp với thực tế để xử lý, kiến nghị xử lý theo quy định. Trường hợp kết quả rà soát văn bản phản ánh không cập nhật tình trạng pháp lý của văn bản hoặc văn bản chưa được rà soát thì tiến hành rà soát hoặc kiến nghị rà soát văn bản theo quy định. Cục Kiểm tra văn bản quy phạm pháp luật có trách nhiệm giúp Bộ trưởng Bộ Tư pháp tổ chức thẩm định kết quả pháp điển theo đề mục.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 15 tháng 6 năm 2014.