Cũng theo đó, Thông tư quy định quy trình xử lý đơn như sau:
Trước hết, tiếp nhận đơn từ các nguồn như: do cơ quan, tổ chức, cá nhân trực tiếp gửi đến; do đại biểu Quốc hội, đại biểu Hội đồng nhân dân, Uỷ ban Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các thành viên của Mặt trận, các cơ quan báo chí và các cơ quan khác chuyển đến hoặc gửi qua dịch vụ bưu chính. Sau đó, nhằm xử lý đơn chính xác, cần loại bỏ đơn không đủ điều kiện xử lý bằng cách phân loại đơn theo các tiêu chí sau:
Phân loại theo nội dung đơn, bao gồm: đơn khiếu nại; đơn tố cáo; đơn phản ánh, kiến nghị liên quan đến khiếu nại, tố cáo; đơn có nhiều nội dung khác nhau. Phân loại theo điều kiện xử lý: đơn đủ điều kiện xử lý và đơn không đủ điều kiện xử lý. Phân loại theo thẩm quyền giải quyết: đơn thuộc thẩm quyền giải quyết, đơn không thuộc thẩm quyền giải quyết. Phân loại theo số lượng người khiếu nại, người tố cáo, người phản ánh, kiến nghị: đơn có họ, tên, chữ ký của một người; đơn có họ, tên, chữ ký của nhiều người. Phân loại theo giấy tờ, tài liệu kèm theo đơn: đơn có kèm theo giấy tờ, tài liệu gốc; đơn không kèm theo giấy tờ, tài liệu gốc. Phân loại theo thẩm quyền của cơ quan, tổ chức: đơn thuộc thẩm quyền giải quyết của các cơ quan hành chính nhà nước; đơn thuộc thẩm quyền giải quyết của các cơ quan quyền lực nhà nước; đơn thuộc thẩm quyền giải quyết của các cơ quan tiến hành hoạt động tố tụng, thi hành án; đơn thuộc thẩm quyền giải quyết của các tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức chính trị xã hội - nghề nghiệp, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, tổ chức tôn giáo.
Sau khi tiếp nhận và phân loại đơn, cơ quan hành chính nhà nước hoặc người có thẩm quyền thuộc cơ quan hành chính nhà nước có trách nhiệm xử lý đơn khiếu nại, đơn tố cáo, đơn phản ánh, kiến nghị liên quan đến khiếu nại, tố cáo theo quy định của pháp luật.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 11/10/2010.