Thông tư quy định nội dung tư vấn trước và sau xét nghiệm HIV gồm: Tư vấn trước xét nghiệm (giới thiệu, thảo luận lý do tư vấn, xét nghiệm HIV; thảo luận các nguy cơ có khả năng lây nhiễm HIV; trao đổi, giải thích về ý nghĩa và lợi ích của việc xét nghiệm HIV và biết kết quả xét nghiệm HIV). Tư vấn sau xét nghiệm HIV (Tư vấn cho người có kết quả xét nghiệm HIV âm tính: Giải thích kết quả xét nghiệm và ý nghĩa của giai đoạn cửa sổ; hướng dẫn, trao đổi các biện pháp giảm nguy cơ lây nhiễm HIV; tư vấn sự cần thiết tham gia các dịch vụ hỗ trợ về tinh thần, tâm lý, xã hội, chăm sóc y tế, dự phòng lây nhiễm HIV); tư vấn cho người có kết quả khẳng định HIV dương tính (thông báo kết quả xét nghiệm HIV dương tính; tư vấn hỗ trợ tinh thần, tâm lý; hướng dẫn cách bộc lộ tình trạng nhiễm HIV với vợ, chồng, người có quan hệ tình dục hoặc sử dụng chung bơm kim tiêm với người được tư vấn và khuyến khích người được tư vấn giới thiệu các đối tượng này và con của người được tư vấn (nếu có) đến tư vấn và xét nghiệm HIV; tư vấn về các biện pháp phòng lây nhiễm HIV cho người khác và trách nhiệm pháp lý đối với việc phòng lây nhiễm HIV cho người khác; tư vấn về lợi ích và sự cần thiết tham gia dịch vụ chăm sóc, điều trị và dự phòng lây nhiễm HIV). Đối với người có kết quả xét nghiệm HIV không xác định (giải thích ý nghĩa của kết quả xét nghiệm; đánh giá lại thời gian có nguy cơ phơi nhiễm HIV gần nhất của khách hàng và tư vấn việc cần thiết xét nghiệm lại HIV sau 14 ngày).
Thông tư cũng quy định về điều kiện tổ chức hoạt động tư vấn phòng, chống HIV/AIDS trong cơ sở y tế. Theo đó, ngoài yêu cầu về nhân sự (có ít nhất 01 nhân viên tư vấn), các cơ sở y tế phải đảm bảo điều kiện về cơ sở vật chất, thiết bị phục vụ hoạt động tư vấn phòng, chống HIV/AIDS như: Đảm bảo kín đáo, thông thoáng và đủ ánh sáng, trường hợp thực hiện tư vấn nhóm thì phải đảm bảo chỗ ngồi tương ứng với số người được tư vấn; có bàn làm việc, ghế ngồi và tài liệu truyền thông phục vụ cho việc tư vấn…
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 15/4/2015. Bãi bỏ các quy định sau đây kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành: Quyết định số 647/QĐ-BYT ngày 20/ 02/ 2007 của Bộ trưởng Bộ Y tế về hướng dẫn tư vấn và xét nghiệm HIV tự nguyện; Khoản 5 Điều 1 và cụm từ “Khoản 5” tại Khoản 2 Điều 3 Thông tư số 33/2011/TT-BYT ngày 26 /8/2011 của Bộ trưởng Bộ Y tế quy định việc xét nghiệm HIV bắt buộc trong một số trường hợp cần thiết để chẩn đoán và điều trị cho người bệnh.