Viện Khoa học và công nghệ Việt Nam - Hàn Quốc được quy định là tổ chức khoa học và công nghệ trực thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ, có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng và được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng thương mại theo quy định; có trụ sở chính tại Hà Nội và được mở chi nhánh, văn phòng đại diện ở trong nước và nước ngoài. Viện thực hiện nhiệm vụ phát triển công nghệ nguồn, nghiên cứu nâng cấp các công nghệ phục vụ các ngành công nghiệp chiến lược, then chốt; phát triển các sản phẩm quốc gia, sản phẩm chủ lực; phát triển công nghệ tích hợp để thay thế công nghệ nhập khẩu và các nhiệm vụ khác theo Điều lệ tổ chức và hoạt động.
Cơ cấu của Viện gồm Hội đồng Viện - cơ quan có thẩm quyền quyết định chiến lược phát triển của Viện; Viện trưởng - người đại diện theo pháp luật của Viện, Viện trưởng do Hội đồng Viện bầu, bãi nhiệm và được Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ phê chuẩn; các Phó Viện trưởng do Viện trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm sau khi được Hội đồng Viện thông qua; Hội đồng khoa học do Viện trưởng thành lập, gồm một số nghiên cứu viên cao cấp của Viện và các nhà khoa học có uy tín. Thủ tướng Chính phủ quyết định Chủ tịch và các thành viên Hội đồng Viện trên cơ sở đề nghị của Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ. Sau khi Viện trưởng, các Phó Viện trưởng được bổ nhiệm và Hội đồng khoa học Viện đi vào hoạt động, Hội đồng Viện được tổ chức và hoạt động theo Điều lệ tổ chức và hoạt động của Viện.
Nghị định cũng quy định Nhà nước bố trí vốn đối ứng cho Dự án hợp tác xây dựng Viện theo cam kết tại Hiệp định giữa Chính phủ Việt Nam và Chính phủ Hàn Quốc, đồng thời hỗ trợ vốn đầu tư phát triển từ nguồn ngân sách nhà nước và huy động các nguồn vốn hợp pháp khác để xây dựng cơ sở hạ tầng trang thiết bị nghiên cứu hiện đại cho Viện. Nhà nước sẽ hỗ trợ toàn bộ kinh phí hoạt động thường xuyên hàng năm và các khoản thuế phải nộp của Viện trong thời gian tối đa 10 năm.
Viện được áp dụng cơ chế tài chính đặc thù tương tự như đối với các trường đại học tiên tiến được thành lập trên cơ sở Hiệp định giữa Chính phủ Việt Nam và nước ngoài, bảo đảm khuyến khích các nhà khoa học trình độ cao là người nước ngoài, người Việt Nam ở trong nước và nước ngoài tham gia hoạt động khoa học và công nghệ tiên tiến tại Viện. Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/7/2015.