Theo quy định của Thông tư tất cả thuốc bảo vệ thực vật dùng để phòng trừ sinh vật gây hại thực vật; điều hòa sinh trưởng cây trồng; bảo quản thực vật; khử trùng kho; trừ mối hại công trình xây dựng và đê điều; trừ cỏ trên đất không trồng trọt; làm tăng độ an toàn, hiệu quả khi sử dụng phải được đăng ký vào Danh mục thuốc bảo vệ thực vật được phép sử dụng ở Việt Nam.
Tổ chức, cá nhân trong nước hoặc nước ngoài sản xuất hoạt chất thuốc bảo vệ thực vật, thuốc bảo vệ thực vật kỹ thuật hoặc thuốc bảo vệ thực vật thành phẩm từ thuốc bảo vệ thực vật kỹ thuật được trực tiếp đứng tên đăng ký thuốc bảo vệ thực vật do mình sản xuất. Mỗi tổ chức, cá nhân được đăng ký 01 tên thương phẩm cho mỗi hoạt chất, thuốc kỹ thuật hoặc thuốc thành phẩm để phòng, trừ sinh vật gây hại hoặc điều hòa sinh trưởng cây trồng. Trường hợp các hoạt chất, thuốc kỹ thuật hoặc thuốc thành phẩm này dùng để khử trùng kho; bảo quản thực vật; trừ mối hại công trình xây dựng, đê điều; thuốc xử lý hạt giống phải đăng ký thêm 01 tên thương phẩm khác. Sau 05 năm kể từ ngày tổ chức, cá nhân đăng ký đầu tiên được cấp Giấy chứng nhận đăng ký chính thức cho thuốc bảo vệ thực vật có hoạt chất chưa có trong Danh mục, các tổ chức, cá nhân khác mới được nộp hồ sơ đăng ký bổ sung tên thương phẩm mới cho thuốc bảo vệ thực vật có hoạt chất đó.
Để tránh việc sử dụng các loại thuốc bảo vệ thực vật gây hại ở Việt Nam, Thông tư quy định không được phép đăng ký ở Việt Nam Thuốc bảo vệ thực vật trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật cấm sử dụng ở Việt Nam; thuốc thành phẩm hoặc hoạt chất trong thuốc thành phẩm có độc cấp tính loại I, II theo phân loại của Hệ thống hài hòa toàn cầu về phân loại và ghi nhãn hóa chất (GHS); thuốc bảo vệ thực vật có nguy cơ cao ảnh hưởng xấu đến sức khỏe con người, vật nuôi, hệ sinh thái, môi trường như (thuốc bảo vệ thực vật chứa vi sinh vật gây bệnh cho người. Thuốc bảo vệ thực vật gây đột biến gen, ung thư, độc sinh sản cho người; thuốc bảo vệ thực vật hóa học đăng ký phòng trừ sinh vật gây hại thực vật hoặc điều hoà sinh trưởng cho cây ăn quả, cây chè, cây rau hoặc để bảo quản nông sản sau thu hoạch có độ độc cấp tính của hoạt chất hoặc thành phẩm thuộc loại III, IV theo GHS; thuộc nhóm clo hữu cơ; có thời gian cách ly ở Việt Nam trên 07 ngày; thuốc bảo vệ thực vật trùng tên thương phẩm với tên hoạt chất hoặc tên thương phẩm của thuốc bảo vệ thực vật khác trong Danh mục); thuốc bảo vệ thực vật chứa hoạt chất methyl bromide; thuốc bảo vệ thực vật đăng ký để phòng trừ các loài sinh vật không phải là sinh vật gây hại thực vật ở Việt Nam; thuốc bảo vệ thực vật được sáng chế ở nước ngoài nhưng chưa được phép sử dụng ở nước ngoài.
Thông tư có hiệu lực từ ngày 01/8/2015 và thay thế Thông tư số 03/2013/TT-BNNPTNT, Thông tư số 14/2013/TT-BNNPTNT, Thông tư số 77/2009/TT-BNNPTNT, Điều 2 Thông tư số 18/2011/TT-BNNPTNT, Quyết định số 97/2008/QĐ-BNN, Điều 2 Thông tư số 85 /2011/TT-BNNPTNT.