Thông tư này quy định nội dung, trình tự, thủ tục triển khai Chương trình giám sát vệ sinh, an toàn thực phẩm trong thu hoạch nhuyễn thể hai mảnh vỏ (NT2MV).
Theo Thông tư, nội dung Chương trình giám sát bao gồm: Xây dựng kế hoạch triển khai Chương trình giám sát; Tổ chức thực hiện Chương trình giám sát. Cơ quan kiểm tra là Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện Chương trình giám sát. Cơ quan kiểm soát là Chi cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản (hoặc cơ quan được Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn giao nhiệm vụ quản lý chất lượng thực phẩm thủy sản nếu địa phương chưa thành lập Chi cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản) có trách nhiệm tổ chức thực hiện hoạt động lấy mẫu NT2MV và kiểm soát thu hoạch NT2MV tại địa phương.
Thông tư quy định người lấy mẫu, người kiểm soát thu hoạch và cán bộ của Cơ quan kiểm tra, Cơ quan kiểm soát tham gia Chương trình giám sát phải được tập huấn về nghiệp vụ kiểm soát vệ sinh, an toàn thực phẩm trong thu hoạch NT2MV do Cục Quản lý Chất lượng Nông lâm sản và Thủy sản tổ chức để bảo đảm đủ năng lực thực hiện nhiệm vụ được phân công.
Trong thời hạn ít nhất 01 (một) ngày làm việc trước ngày thu hoạch, cơ sở thu hoạch phải đăng ký thu hoạch với Cơ quan kiểm soát, bao gồm các thông tin: Thời gian, địa điểm, khối lượng NT2MV dự kiến thu hoạch. Việc đăng ký có thể là đăng ký trực tiếp, đăng ký qua đường bưu điện, đăng ký qua điện thoại hoặc email.
Trong trường hợp mật độ tảo độc trong nước biển vượt quá giới hạn cảnh báo nhưng hàm lượng độc tố sinh học trong NT2MV chưa vượt quá mức giới hạn cho phép thì cơ quan kiểm tra phải thông báo cảnh báo này trên website của Cơ quan kiểm tra đồng thời yêu cầu cơ quan kiểm soát lấy mẫu giám sát tăng cường tảo độc và độc tố sinh học với tần suất từ 2 đến 3 ngày/lần; yêu cầu cơ sở sơ chế, chế biến NT2MV chỉ được phép đưa ra tiêu thụ hoặc xuất khẩu các lô hàng NT2MV được sản xuất từ nguyên liệu NT2MV thu hoạch từ đợt lấy mẫu kế trước nếu kết quả kiểm nghiệm độc tố sinh học đạt yêu cầu.
Trường hợp kết quả kiểm nghiệm độc tố sinh học trong NT2MV vượt quá mức giới hạn cho phép hoặc các chất ô nhiễm trong NT2MV vượt quá mức giới hạn cho phép thì Cơ quan kiểm tra phải thông báo cảnh báo đồng thời không cho phép thu hoạch (không cấp giấy chứng nhận xuất xứ) NT2MV để chế biến xuất khẩu vào EU. Vùng thu hoạch được thu hoạch trở lại khi kết quả kiểm nghiệm tảo độc, độc tố sinh học nằm trong giới hạn cho phép sau hai lần giám sát tăng cường liên tiếp.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 10/12/2015, thay thế Quyết định số 131/2008/QĐ-BNN ngày 31/12/2008 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và bãi bỏ Thông tư 23/2011/TT-BNNPTNT ngày 06/4/2011.