Theo đó, Nghị định này áp dụng đối với tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm hành chính liên quan đến giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật trên lãnh thổ Việt Nam. Các hành vi vi phạm hành chính về giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật quy định tại Nghị định này bao gồm: Vi phạm quy định về giống cây trồng; Vi phạm quy định về bảo vệ thực vật, kiểm dịch thực vật và thuốc bảo vệ thực vật. Thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật là một năm, trừ các trường hợp vi phạm hành chính về sở hữu trí tuệ đối với giống cây trồng; sản xuất, xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh giống cây trồng, thuốc bảo vệ thực vật, thực vật, sản phẩm thực vật thì thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính là hai năm. Thời điểm để tính thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính quy định như sau: Đối với vi phạm hành chính đã kết thúc thì thời hiệu được tính từ thời điểm chấm dứt hành vi vi phạm. Đối với vi phạm hành chính đang được thực hiện thì thời hiệu được tính từ thời điểm phát hiện hành vi vi phạm.
Từ ngày 25/06/2016, hành vi sử dụng thuốc bảo vệ thực vật có trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật cấm sử dụng tại Việt Nam sẽ bị phạt tiền với mức từ 03 - 05 triệu đồng; trong khi trước đây, mức phạt đối với hành vi này chỉ từ 01 - 03 triệu đồng. Nghị định cũng quy định, hành vi sử dụng thuốc bảo vệ thực vật không đúng với hướng dẫn sử dụng; không thu gom, để đúng nơi quy định bao gói thuốc bảo vệ thực vật sau khi sử dụng sẽ bị phạt cảnh cáo hoặc phạt tiền từ 200.000 đồng - 500.000 đồng. Mức phạt từ 01 - 02 triệu đồng sẽ được áp dụng đối với hành vi sử dụng thuốc bảo vệ thực vật không có tên trong Danh mục thuốc bảo vệ thực vật được phép sử dụng tại Việt Nam; sử dụng thuốc bảo vệ thực vật dưới dạng ống tiêm thủy tinh…
Về việc nhập khẩu thuốc bảo vệ thực vật, Nghị định chỉ rõ, phạt tiền từ 03 - 05 triệu đồng đối với hành vi nhập khẩu thuốc thành phẩm có thời hạn sử dụng dưới 2/3 hạn sử dụng được ghi trên nhãn thuốc, kể từ ngày thuốc đến Việt Nam. Đặc biệt, phạt từ 10 - 15 triệu đồng đối với hành vi nhập khẩu thuốc bảo vệ thực vật thành phẩm, thuốc kỹ thuật không đảm bảo chất lượng, không phù hợp quy chuẩn kỹ thuật tương ứng…
Ngoài những quy định trên, Nghị định quy định mức phạt tiền quy định tại Nghị định này là mức phạt được áp dụng đối với hành vi vi phạm hành chính do cá nhân thực hiện. Đối với tổ chức có cùng hành vi vi phạm, mức phạt tiền gấp 02 (hai) lần mức phạt tiền đối với cá nhân. Mức phạt tối đa đối với các hành vi vi phạm trong lĩnh vực giống cây trồng, bảo vệ và kiểm dịch thực vật đối với cá nhân là 50 triệu đồng và đối với tổ chức là 100 triệu đồng.
Nghị định có hiệu lực thi hành từ ngày 25/6/2016, thay thế Nghị định số 114/2013/NĐ-CP ngày 03/10/2013 của Chính phủ