Thông tư quy định 5 nhóm hàng hóa nhập khẩu không thuộc diện phải kiểm tra an toàn thực phẩm gồm: Hàng hóa mang theo người để tiêu dùng cá nhân trong định mức được miễn thuế nhập khẩu; Hàng hóa trong túi ngoại giao, túi lãnh sự; Hàng hóa quá cảnh, chuyển khẩu; Hàng hóa gửi kho ngoại quan; Hàng hóa là mẫu thử nghiệm, nghiên cứu.
Hàng hóa nhập khẩu vào Việt Nam phải đáp ứng các yêu cầu sau: Sản xuất tại quốc gia được cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam công nhận đáp ứng đầy đủ các yêu cầu về bảo đảm an toàn thực phẩm hàng hóa theo quy định của Việt Nam; bao gói hoặc chứa đựng trong các phương tiện phù hợp; ghi nhãn, bao gồm các thông tin: tên hàng hóa, tên và địa chỉ cơ sở sản xuất; mã số (nếu có) và các thông tin khác (bằng tiếng Việt hoặc có nhãn phụ tiếng Việt) theo quy định; kiểm tra và chứng nhận an toàn thực phẩm theo quy định. Các lô hàng nhập khẩu vào Việt Nam phải được kiểm tra thông tin về nguồn gốc xuất xứ, kiểm tra ngoại quan (bao gói, ghi nhãn), kiểm tra thực tế hệ thống kiểm soát an toàn thực phẩm và điều kiện bảo đảm an toàn trong quá trình sản xuất hàng hóa của nước xuất khẩu.
Cơ quan kiểm tra tại cửa khẩu hoặc nơi tập kết là các đơn vị thuộc Cục Bảo vệ thực vật hoặc được Cục Bảo vệ thực vật ủy quyền. Cơ quan kiểm tra giám sát hàng hóa lưu thông trên thị trường là các đơn vị thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn được giao nhiệm vụ. Cơ quan kiểm tra an toàn thực phẩm tại nước xuất khẩu là Cục Quản lý Chất lượng Nông Lâm sản và Thuỷ sản chủ trì, phối hợp với Cục Bảo vệ thực vật và các cơ quan có liên quan.
Trong quá trình kiểm tra, nếu phát hiện vi phạm quy định về an toàn thực phẩm thì cơ quan kiểm tra sẽ thông báo cho cơ quan thẩm quyền về an toàn thực phẩm của nước xuất khẩu đề nghị phối hợp điều tra nguyên nhân và đưa ra các biện pháp khắc phục đối với lô hàng nhập khẩu; Tạm thời đình chỉ việc nhập khẩu hàng hóa vào Việt Nam đối với các cơ sở sản xuất trong nước nếu có từ 03 (ba) lô hàng kiểm tra trong vòng 6 tháng bị phát hiện vi phạm nghiêm trọng quy định về an toàn thực phẩm hoặc thấy cơ sở sản xuất chưa đáp ứng đầy đủ các yêu cầu về an toàn thực phẩm theo quy định; Tạm thời đình chỉ nhập khẩu hàng hóa từ nước xuất khẩu trong trường hợp kết quả kiểm tra cho thấy hệ thống kiểm soát an toàn thực phẩm của nước xuất khẩu chưa đáp ứng đầy đủ các yêu cầu theo quy định.
Ngoài ra, Thông tư này cũng quy định về hồ sơ, thủ tục đăng ký xuất khẩu và kiểm tra an toàn thực phẩm đối với hàng hóa có nguồn gốc thực vật của nước xuất khẩu; quy định về trình tự, thủ tục kiểm tra an toàn thực phẩm đối với lô hàng nhập khẩu.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 7 năm 2011.