Nội dung sử dụng của Quỹ bao gồm: Hoạt động quảng bá giới thiệu về đất nước; thiết lập, mở rộng quan hệ với chính giới, tài giới, tranh thủ các đối tác nước ngoài nhằm thúc đẩy quan hệ kinh tế đối ngoại; hỗ trợ các cơ quan, doanh nghiệp ta tìm hiểu, tìm kiếm thị trường và các cơ hội kinh doanh; thu thập thông tin về kinh tế, khoa học, công nghệ, giáo dục, đào tạo nhân lực có giá trị, hỗ trợ nghiên cứu, tham mưu xây dựng chính sách phát triển kinh tế; hỗ trợ mời chuyên gia, học giả trong và ngoài nước tham gia đào tạo, bồi dưỡng nâng cao năng lực cho cán bộ làm công tác ngoại giao phục vụ kinh tế; xuất bản và cung cấp các ấn phẩm phục vụ cho thông tin tuyên truyền kinh tế đối ngoại; khen thưởng các cá nhân và tập thể có thành tích xuất sắc trong công tác ngoại giao phục vụ kinh tế.
Quỹ được sử dụng tối đa 8% tổng số kinh phí Quỹ được ngân sách nhà nước duyệt cấp hàng năm để chi cho các hoạt động quản lý Quỹ. Nội dung chi cho hoạt động quản lý Quỹ, bao gồm: Chi phụ cấp đối với chức danh Giám đốc Quỹ theo chế độ; lương, bảo hiểm và phụ cấp theo quy định của pháp luật cho cán bộ, nhân viên hợp đồng (nếu có); trả tiền làm thêm giờ (nếu có) theo chế độ quy định hiện hành; chi cho hoạt động tuyên truyền để vận động tài trợ Quỹ; các hoạt động đoàn ra, đoàn vào phục vụ công tác vận động tài trợ Quỹ; công tác quản lý Quỹ; mua sắm, sửa chữa, bảo dưỡng tài sản cố định; hoạt động lễ tân, mua văn phòng phẩm, thanh toán dịch vụ công cộng phục vụ hoạt động của Quỹ; chi khen thưởng định kỳ, đột xuất cho các tổ chức, cá nhân có công vận động hoặc trực tiếp đóng góp vào Quỹ hoặc có thành tích trong hoạt động của Quỹ.
Đối với công tác quản lý Quỹ:
Quỹ phải tổ chức công tác kế toán, hạch toán theo quyết định số 19/2006/QĐ-BTC ngày 30/3/2006 của Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành về “Chế độ kế toán hành chính sự nghiệp”. Thực hiện hạch toán riêng phần hoạt động nghiệp vụ chi cho hoạt động quản lý của Quỹ, đồng thời để theo dõi các khoản đóng góp của các cá nhân, tổ chức trong và ngoài nước cho Quỹ thông qua Cơ quan đại diện Việt Nam ở nước ngoài hoặc tại Văn phòng Quỹ. Hạch toán, quyết toán bằng tiền đồng Việt Nam. Trường hợp sử dụng bằng ngoại tệ: Bộ Tài chính cấp trực tiếp thì áp dụng tỷ giá hạch toán – kế toán của Bộ Tài chính công bố hàng tháng; trường hợp mua ngoại tệ tại ngân hàng thì thực hiện tỷ giá quy đổi ngoại tệ theo chứng từ ngân hàng tại thời điểm mua ngoại tệ. Quỹ có trách nhiệm kiểm tra các chứng từ chi của các cơ quan sử dụng Quỹ, nhằm bảo đảm việc chi tiêu phải phù hợp với mục tiêu, nội dung công việc ngoại giao phục vụ kinh tế đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01/05/2011, thay thế Quyết định số 1009/QĐ-BTC ngày 30/3/2004 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành Quy chế quản lý tài chính Quỹ Hỗ trợ các hoạt động ngoại giao phục vụ kinh tế.