Theo Nghị định này, cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành gồm Tổng cục và tương đương, Cục thuộc Bộ như Cục Quản lý thị trường, Cục Hóa chất, Cục Kỹ thuật an toàn và Môi trường công nghiệp (Bộ Công Thương); Tổng cục Thống kê (Bộ Kế hoạch và Đầu tư);... Cục thuộc Tổng cục và tương đương được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành gồm: Cục Dự trữ Nhà nước khu vực; Cục Hải quan; Kho bạc Nhà nước tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; Cục thuế; Cục Thống kê.
Chi cục thuộc Sở, Chi cục thuộc Cục và tương đương được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành gồm: Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải, Cảng vụ Đường thủy nội địa thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam; Chi cục Thuế; Trung tâm Tần số khu vực; Chi cục Quản lý thị trường thuộc Sở Công Thương; Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm, Chi cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình thuộc Sở Y tế; Chi cục về bảo vệ thực vật, thú y, thủy sản, quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản, thủy lợi, đê điều, lâm nghiệp, phát triển nông thôn thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Cũng theo các quy định tại Nghị định này, cuộc thanh tra chuyên ngành do Thanh tra bộ, Tổng cục, Cục thuộc Bộ tiến hành không quá 45 ngày; trường hợp phức tạp có thể kéo dài hơn, nhưng không quá 70 ngày. Cuộc thanh tra chuyên ngành do Thanh tra sở, Chi cục thuộc Sở tiến hành không quá 30 ngày; trường hợp phức tạp có thể kéo dài hơn, nhưng không quá 45 ngày.
Căn cứ báo cáo kết quả thanh tra, nội dung giải trình của đối tượng thanh tra (nếu có), chậm nhất 15 ngày kể từ ngày nhận được báo cáo kết quả thanh tra, người ra quyết định thanh tra phải ra văn bản kết luận thanh tra; trừ trường hợp nội dung kết luận thanh tra phải chờ kết luận về chuyên môn của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền...
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 05/04/2012; những quy định trước đây trái với Nghị định này đều bãi bỏ.