Nghị định này áp dụng đối với các tổ chức phi chính phủ, tổ chức phi lợi nhuận, các quỹ xã hội, quỹ tư nhân hoặc các hình thức tổ chức xã hội, phi lợi nhuận khác được thành lập theo luật pháp nước ngoài, có hoạt động hỗ trợ phát triển, viện trợ nhân đạo, không vì mục đích lợi nhuận hoặc các mục đích khác tại Việt Nam.
Nghị định quy định nghiêm cấm các tổ chức phi chính phủ nước ngoài tổ chức, thực hiện các hoạt động chính trị, tôn giáo và các hoạt động không phù hợp với lợi ích quốc gia, an ninh, quốc phòng, đại đoàn kết dân tộc Việt Nam; tổ chức, thực hiện, tham gia các hoạt động nhằm mục đích thu lợi nhuận, không phục vụ mục đích nhân đạo, phát triển, các hoạt động liên quan đến rửa tiền, khủng bổ, các hoạt động xâm hại đạo đức xã hội, thuần phong mỹ tục, truyền thống và bản sắc dân tộc, các hoạt động khác trái với quy định của pháp luật Việt Nam.
Tổ chức phi chính phủ nước ngoài có thể được xét cấp đăng ký dưới ba hình thức: Giấy đăng ký hoạt động, Giấy đăng ký lập Văn phòng dự án, Giấy đăng ký lập Văn phòng đại diện. Đối với mỗi loại hình thức đăng ký, Nghị định quy định thủ tục cấp, gia hạn, bổ sung, sửa đổi, cấp lại Giấy đăng ký hoạt động, Giấy lập Văn phòng dự án, Giấy đăng ký lập Văn phòng đại diện.
Trong thời hạn 45 ngày sau khi được cấp, gia hạn, bổ sung, sửa đổi Giấy đăng ký, tổ chức phi chính phủ nước ngoài có trách nhiệm thông báo về việc cấp, gia hạn , bổ sung, sửa đổi Giấy đăng ký và kế hoạch hoạt động của tổ chức với Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi tổ chức phi chính phủ nước ngoài có hoặc dự kiến sẽ tiến hành hoạt động.
Định kỳ 6 tháng và hàng năm, Trưởng Văn phòng đại diện, Trưởng Văn phòng dự án hoặc người được tổ chức phi chính phủ nước ngoài uỷ nhiệm làm đại diện tại Việt Nam có trách nhiệm báo cáo bằng văn bản về hoạt động tại Việt Nam gửi Ủy ban Công tác về các tổ chức phi chính phủ nước ngoài và Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương theo địa bàn hoạt động được xác định trong Giấy đăng ký.
Tổ chức phi chính phủ nước ngoài được phép thuê trụ sở và được tuyển nhân viên người nước ngoài, người Việt Nam làm việc cho văn phòng khi có sự chấp thuận bằng văn bản của cơ quan nhà nước đã cấp phép, phù hợp với Giấy đăng ký và các quy định của pháp luật Việt Nam.
Tổ chức phi chính phủ nước ngoài đã đăng ký hoạt động được đăng ký con dấu theo quy định pháp luật Việt Nam, được mở tài khoản (bằng ngoại tệ hoặc đồng Việt Nam) tại các ngân hàng được thành lập và hoạt động theo pháp luật Việt Nam.
Tổ chức phi chính phủ nước ngoài đã có Giấy đăng ký bị đình chỉ hoạt động một phần, đình chỉ toàn bộ hoạt động hoặc phải chấm dứt hoạt động và bị thu hồi Giấy đăng ký theo quyết định của Bộ Ngoại giao trong trường hợp: Giấy đăng ký hết thời hạn mà không làm thủ tục đề nghị gia hạn theo quy định; vi phạm các hành vi bị nghiêm cấm; cố tình làm sai lệch hồ sơ khi đăng ký; không có hoạt động trong thời gian 12 tháng sau khi được cấp Giấy đăng ký. Trong thời hạn không quá 60 ngày, kể từ ngày nhận được thông báo buộc chấm dứt hoạt động của Bộ Ngoại giao, tổ chức phi chính phủ nước ngoài phải giải quyết xong các vấn đề có liên quan đến trụ sở, nhà ở, nhân viên, phương tiện làm việc và các nghĩa vụ tài chính, cũng như các cấn đề liên quan khác với tổ chức, cá nhân tại Việt Nam. Đối với trường hợp tự chấm dứt hoạt động, tổ chức phi chính phủ nước ngoài phải có văn bản thông báo cho Uỷ ban công tác về các tổ phi chính phủ nước ngoài và Bộ Ngoại giao 60 ngày trước khi chính thức chấm dứt hoạt động.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 6 năm 2012. Bãi bỏ Quyết định số 340/TTg ngày 24/5/1996 của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành Quy chế về hoạt động của các tổ chức phi chính phủ nước ngoài tại Việt Nam.
Các tổ chức phi chính phủ nước ngoài đã được cấp giấy phép lập Văn phòng đại diện, Văn phòng dự án, Giấy phép hoạt động tại Việt Nam theo Quyết định số 340/TTg, khi có nhu cầu đăng ký hoạt động theo các hình thức quy định tại Nghị định này thì không phải xem xét lại, song phải bổ sung, hoàn chỉnh hồ sơ theo quy định tại Nghị định này trong thời gian 90 ngày kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực.