Theo Nghị định này, Bộ Y tế là cơ quan của Chính phủ, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về y tế, bao gồm các lĩnh vực: Y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng; giám định y khoa, pháp y, pháp y tâm thần; y dược cổ truyền; sức khỏe sinh sản; trang thiết bị y tế; dược; mỹ phẩm; an toàn thực phẩm; bảo hiểm y tế; dân số - kế hoạch hóa gia đình; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ.
Ngoài các nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Nghị định số 36/2012/NĐ-CP ngày 18/4/2012 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ, cơ quan ngang Bộ, Nghị định quy định Bộ Y tế có 28 nhiệm vụ, quyền hạn cơ bản sau: Trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ dự thảo các văn bản được phân công hoặc thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ; Ban hành thông tư, quyết định, chỉ thị về quản lý nhà nước đối với ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ; Thực hiện chức năng quản lý nhà nước trong các lĩnh vực: y tế dự phòng; khám bệnh, chữa bệnh và phục hồi chức năng; y dược cổ truyền; trang thiết bị và công trình y tế; dược và mỹ phẩm; an toàn thực phẩm; dân số - kế hoạch hóa gia đình và sức khỏe sinh sản; bảo hiểm y tế; bảo vệ môi trường trong hoạt động y tế; quản lý viên chức chuyên ngành y, dược, dân số; đào tạo nhân lực y tế; chỉ đạo, hướng dẫn tổ chức thực hiện và kiểm tra, giám sát việc thực hiện công tác truyền thông, giáo dục sức khỏe; quản lý nhà nước các dịch vụ công trong ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ; chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan phòng, chống, cấp cứu và điều trị nạn nhân trong thiên tai, thảm họa; Thanh tra, kiểm tra việc thực hiện các quy định của pháp luật và giải quyết khiếu nại, tố cáo, kiến nghị liên quan các lĩnh vực thuộc thẩm quyền quản lý nhà nước của Bộ; xây dựng, ban hành hệ thống chỉ tiêu thống kê và chế độ báo cáo thống kê của ngành y tế theo quy định của pháp luật; xây dựng cơ sở dữ liệu ngành y tế…
Về cơ cấu tổ chức, Bộ Y tế có 24 đơn vị trực thuộc là: Vụ Truyền thông và Thi đua, khen thưởng; Vụ Sức khỏe Bà mẹ - Trẻ em; Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế; Vụ Bảo hiểm y tế; Vụ Kế hoạch - Tài chính; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế; Văn phòng Bộ; Thanh tra Bộ; Cục Y tế dự phòng; Cục Phòng, chống HIV/AIDS; Cục An toàn thực phẩm; Cục Quản lý Môi trường y tế; Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo; Cục Quản lý Khám, chữa bệnh; Cục Quản lý Y, Dược cổ truyền; Cục Quản lý Dược; Cục Công nghệ thông tin; Tổng cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình; Viện Chiến lược và Chính sách y tế; Báo Sức khỏe và Đời sống; Tạp chí Y học thực hành; Tạp chí Dược học.
Các đơn vị được thành lập phòng: Vụ Kế hoạch - Tài chính (7 phòng), Vụ Tổ chức cán bộ (3 phòng), Vụ Bảo hiểm y tế (3 phòng), Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế (2 phòng).
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20 tháng 10 năm 2012, các quy định trước đây trái với Nghị định này bị bãi bỏ.