Thông tư quy định , mức tiền phạt cụ thể đối với một hành vi vi phạm hành chính không có tình tiết tăng nặng hoặc giảm nhẹ là mức trung bình của khung tiền phạt được quy định đối với hành vi đó. Mức trung bình của khung tiền phạt được xác định bằng trung bình giữa mức tối đa của khung hình phạt và mức tối thiểu của khung hình phạt.
Trường hợp có tình tiết giảm nhẹ hoặc tăng nặng thì ứng với mỗi tình tiết giảm nhẹ hoặc tăng nặng đó, mức tiền phạt được giảm hoặc tăng 20% so với mức trung bình nhưng không được thấp hơn mức tối thiểu và không được cao hơn mức tối đa của khung hình phạt. Khi xác định mức phạt tiền đối với hành vi vi phạm vừa có tình tiết giảm nhẹ, vừa có tình tiết tăng nặng thì xem xét giảm trừ tình tiết tăng nặng theo nguyên tắc có một tình tiết giảm nhẹ được giảm trừ một tình tiết tăng nặng.
Về xác định tiền bồi thường thiệt hại do hành vi vi phạm gây ra, Bộ Tài chính cũng hướng dẫn cụ thể: Đối với tổ chức bị xử phạt do có hành vi vi phạm quy định về mua sắm tài sản Nhà nước, số tiền bồi thường được xác định tương ứng với giá trị tài sản mua sắm vượt tiêu chuẩn, định mức; đối với tổ chức bị xử phạt do có hành vi lấn chiếm trụ sở làm việc hoặc chiếm đoạt trái phép tài sản Nhà nước thì số tiền bồi thường xác định tương ứng với số tiền thuê tài sản cùng loại hoặc có tiêu chuẩn, công năng tương đương trên thị trường...
Thông tư cũng quy định cụ thể các trường hợp nào được coi là lấn chiếm trụ sở làm việc, cơ sở hoạt động sự nghiệp, chiếm đoạt trái phép tài sản nhà nước, sử dụng tài sản nhà nước vào mục đích sản xuất, kinh doanh dịch vụ, cho thuê, liên doanh, liên kết không đúng quy định, …..
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 22/03/2013.