Theo đó, Bộ Tư pháp giúp Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về công tác kiểm soát thủ tục hành chính. Cục Kiểm soát thủ tục hành chính thuộc Bộ Tư pháp có chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Tư pháp thực hiện quản lý nhà nước về công tác kiểm soát thủ tục hành chính (trước đây, cơ quan này thuộc Văn phòng Chính phủ). Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính thuộc Sở Tư pháp có chức năng tham mưu, giúp Giám đốc Sở Tư pháp thực hiện quản lý nhà nước về công tác kiểm soát thủ tục hành chính tại địa phương (trước đây đơn vị này thuộc Văn phòng UBND cấp tỉnh).
Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính là đơn vị thuộc Tổ chức pháp chế ở Bộ, cơ quan ngang Bộ có chức năng tham mưu, giúp người đứng đầu Tổ chức pháp chế giúp Bộ trưởng thực hiện công tác kiểm soát thủ tục hành chính trong phạm vi ngành, lĩnh vực quản lý (đây là quy định mới).
Quyết định công bố thủ tục hành chính của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ phải được ban hành chậm nhất trước 20 ngày làm việc tính đến ngày văn bản quy phạm pháp luật có quy định về thủ tục hành chính có hiệu lực thi hành. Quyết định công bố thủ tục hành chính của Chủ tịch UBND tỉnh, người đứng đầu cơ quan, đơn vị được cơ quan nhà nước cấp trên giao nhiệm vụ hoặc ủy quyền ban hành văn bản hướng dẫn thực hiện thủ tục giải quyết công việc cho cá nhân, tổ chức phải được ban hành chậm nhất trước 05 ngày làm việc tính đến ngày văn bản quy phạm pháp luật có quy định về thủ tục hành chính có hiệu lực thi hành (trước đây quy định chung là 10 ngày làm việc).
Các Bộ, cơ quan ngang Bộ, UBND cấp tỉnh định kỳ 6 tháng báo cáo Bộ Tư pháp về tình hình và kết quả thực hiện hoạt động kiểm soát thủ tục hành chính của Bộ, ngành, địa phương mình hoặc báo cáo theo yêu cầu đột xuất (quy định cũ là định kỳ hàng quý báo cáo Thủ tướng Chính phủ).
Nghị định mới cũng quy định cơ quan tiếp nhận, xử lý phản ánh, kiến nghị của cá nhân, tổ chức ở Trung ương là Bộ Tư pháp (quy định cũ là Văn phòng Chính phủ) và ở địa phương là Sở Tư pháp (quy định cũ là Văn phòng UBND cấp tỉnh).
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 7 năm 2013.