Theo đó, Thông tư quy định cụ thể thẩm quyền của Thanh tra Chính phủ là thanh tra trách nhiệm thực hiện pháp luật về tố cáo đối với bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND cấp tỉnh, đơn vị sự nghiệp công lập, doanh nghiệp nhà nước, cơ quan, tổ chức, đơn vị khác do Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập; Thanh tra bộ, cơ quan ngang bộ có thẩm quyền thanh tra trách nhiệm thực hiện pháp luật về tố cáo đối với cơ quan, tổ chức, đơn vị, cá nhân thuộc quyền quản lý trực tiếp của bộ, cơ quan ngang bộ; Thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương có thẩm quyền thanh tra trách nhiệm thực hiện pháp luật về tố cáo đối với cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh (các sở), UBND cấp huyện và các đơn vị sự nghiệp công lập, doanh nghiệp nhà nước do Chủ tịch UBND cấp tỉnh quyết định thành lập; Thanh tra sở có thẩm quyền thanh tra trách nhiệm thực hiện pháp luật về tố cáo đối với cơ quan, tổ chức, đơn vị, cá nhân thuộc quyền quản lý trực tiếp của sở; Thanh tra huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh có thẩm quyền thanh tra trách nhiệm thực hiện pháp luật về tố cáo đối với phòng, ban chuyên môn thuộc UBND cấp huyện, UBND cấp xã, đơn vị sự nghiệp công lập do Chủ tịch UBND cấp huyện quyết định thành lập.
Nội dung thanh tra trách nhiệm thực hiện các quy định pháp luật về tiếp công dân, giải quyết tố cáo, bảo vệ người tố cáo gồm 08 nhóm nội dung sau: (1) Thanh tra việc thực hiện quy định pháp luật về tiếp công dân gồm: địa điểm, cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ, nội quy, quy chế, lịch tiếp công dân, thời gian tiếp, quy trình tiếp; (2) Thanh tra việc thực hiện các quy định pháp luật về tiếp nhận, xử lý thông tin tố cáo, gồm: việc tiếp nhận, thụ lý, không thụ lý giải quyết, số vụ việc thuộc thẩm quyền, số vụ việc đang thụ lý, số vụ việc chưa thụ lý, việc chuyển đơn tố cáo, thông báo thụ lý và áp dụng các biện pháp cần thiết để ngăn chặn hành vi gây thiệt hại hoặc đe dọa gây thiệt hại; (3) Thanh tra việc thực hiện các quy định pháp luật về thời hạn giải quyết tố cáo, gồm số vụ việc giải quyết đúng thời hạn, số vụ việc giải quyết chậm, số vụ việc phức tạp, tồn đọng, kéo dài, số vụ việc thuộc thẩm quyền nhưng không giải quyết, nguyên nhân và trách nhiệm; (4) Thanh tra việc thực hiện các quy định pháp luật về xác định thẩm quyền giải quyết tố cáo, xác minh nội dung tố cáo, kết luận nội dung tố cáo, xử lý hành vi vi phạm bị tố cáo; (5) Thanh tra việc thực hiện quy định pháp luật về công khai kết luận nội dung tố cáo, quyết định xử lý hành vi vi phạm bị tố cáo; (6) Thanh tra việc thực hiện các quy định pháp luật về xử lý vụ việc tố cáo đông người, phức tạp, tồn đọng, kéo dài; (7) Thanh tra việc thực hiện quy định pháp luật về phối hợp xử lý trường hợp nhiều người cùng tố cáo một nội dung; (8) Thanh tra việc thực hiện các quy định pháp luật về bảo vệ người tố cáo, người thân thích của người tố cáo, gồm đối tượng, thời hạn, hình thức bảo vệ đã áp dụng, việc tổ chức thực hiện và kết quả áp dụng biện pháp bảo vệ.
Nội dung thanh tra trách nhiệm quản lý nhà nước đối với công tác giải quyết tố cáo và xử lý vi phạm pháp luật tố cáo gồm 05 nhóm nội dung: (1) Thanh tra việc thực hiện các quy định pháp luật về ban hành các văn bản hướng dẫn thi hành pháp luật về tố cáo theo thẩm quyền, gồm: số lượng văn bản ban hành, tính hợp pháp, hợp lý, khả thi, việc tổ chức thực hiện các văn bản đó; (2) Thanh tra việc thực hiện các quy định của pháp luật về tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về tố cáo, gồm: xây dựng chương trình, kế hoạch, nội dung, hình thức tuyên truyền, phổ biến, quán triệt, tập huấn cho cán bộ, công chức, viên chức, chất lượng, hiệu quả của việc tuyên truyền, phổ biến; (3) Thanh tra việc thực hiện các quy định pháp luật về thanh tra trách nhiệm, gồm: xây dựng, ban hành kế hoạch thanh tra trách nhiệm thực hiện pháp luật về tố cáo, việc tổ chức thực hiện kế hoạch, chất lượng, hiệu quả của hoạt động thanh tra trách nhiệm thực hiện pháp luật về tố cáo; (4) Thanh tra việc thực hiện các quy định pháp luật về chế độ thông tin, báo cáo, quản lý và lưu trữ hồ sơ giải quyết vụ việc tố cáo; (5) Thanh tra việc thực hiện các quy định pháp luật về khen thưởng và xử lý vi phạm.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 15/9/2013.