Thông tư này áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân có liên quan đến hoạt động vận tải thủy từ bờ ra đảo trong vùng biển Việt Nam .
Tổ chức, cá nhân hoạt động vận tải hành khách cố định trên tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo phải làm thủ tục đăng ký với Cảng vụ hàng hải khu vực. Hồ sơ đăng ký gồm: Bản đăng ký hoạt động vận tải hành khách (theo mẫu kèm theo Thông tư này); ý kiến thống nhất bằng văn bản hoặc hợp đồng với tổ chức quản lý cảng, bến cho phương tiện vào đón, trả hành khách; bản sao chứng thực (hoặc bản sao kèm theo bản chính để đối chiếu) Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc Giấy chứng nhận đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký phương tiện, Giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường phương tiện còn hiệu lực và phù hợp với tuyến hoạt động.
Chậm nhất không quá 05 ngày làm việc sau khi nhận đủ hồ sơ này, cảng vụ hàng hải khu vực gửi xin ý kiến bằng văn bản của Sở Giao thông vận tải nơi có cảng, bến đón trả khách do địa phương quản lý. Sở Giao thông vận tải có trách nhiệm trả lời bằng văn bản trong thời hạn 05 ngày làm việc. Chậm nhất không quá 05 ngày làm việc sau khi nhận được văn bản trả lời của Sở Giao thông Vận tải, Cảng vụ hàng hải khu vực xem xét, nếu hồ sơ đầy đủ các giấy tờ theo quy định thì có văn bản chấp thuận cho tổ chức, cá nhân vận tải khách cố định trên tuyến. Trường hợp không thỏa mãn các điều kiện quy định thì trả lại hồ sơ và trả lời bằng văn bản, nêu rõ lý do.
Phương tiện vào, rời cảng biển được thực hiện theo quy định của pháp luật hàng hải; phương tiện vào, rời cảng, bến thủy nội địa được thực hiện theo quy định của pháp luật giao thông đường thủy nội địa.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15 tháng 9 năm 2013 và thay thế Quyết định số 1818/QĐ-BGTVT ngày 23 tháng 6 năm 2009 của Bộ Giao thông vận tải về quản lý tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo trong vùng biển Việt Nam.