Theo quy định của Thông tư, khi kiểm định an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường xe cơ giới đang lưu hành, tổ chức, cá nhân phải đóng mức phí cơ bản như sau: 560.000 đồng/xe đối với xe ô tô tải, đoàn xe ô tô có trọng tải trên 20 tấn và các loại xe ô tô chuyên dùng; 350.000 đồng/xe đối với xe ô tô tải, đoàn xe ô tô có trọng tải trên 7 tấn đến 20 tấn và các loại máy kéo; 350.000 đồng/xe đối với xe ô tô khách trên 40 ghế, xe buýt; 320.000 đồng/xe đối với xe ô tô khách từ 25 đến 40 ghế; 280.000 đồng/xe đối với xe ô tô khách từ 10 ghế đến 24 ghế và 240.000 đồng/xe đối với xe ô tô dưới 10 chỗ ngồi, xe ô tô cứu thương…
Mức thu phí tại Thông tư này đã gồm thuế giá trị gia tăng nhưng không bao gồm lệ phí cấp giấy chứng nhận chất lượng, an toàn kỹ thuật đối với linh kiện, xe cơ giới, thiết bị, xe máy chuyên dùng và chi phí ăn ở, đi lại, thông tin liên lạc để phục vụ công tác kiểm định ở những nơi xa trụ sở cơ quan đăng kiểm trên 100 km.
Đồng thời Thông tư này cũng quy định những xe cơ giới kiểm định không đạt tiêu chuẩn an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường phải bảo dưỡng sửa chữa để kiểm định lại những hạng mục không đạt tiêu chuẩn. Mức phí trong trường hợp này được quy định như sau: Những xe được kiểm định lại trong 01 ngày và số lần kiểm định lại không quá 02 lần được miễn phí, những xe kiểm định lại từ lần thứ 3 trở đi, mỗi lần kiểm định lại thu bằng 50% mức phí cơ bản; những xe được tiến hành kiểm định lại sau 01 ngày và trong thời hạn 07 ngày thì được tính phí từ ngày kiểm định lần đầu, mỗi lần kiểm định lại thu bằng 50% mức phí cơ bản; những xe phải kiểm định lại sau thời hạn 07 ngày được tính như kiểm định lần đầu.
Ngoài ra, trong trường hợp kiểm định xe cơ giới để cấp giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường tạm thời thì mức thu bằng 100% mức phí cơ bản; kiểm định mang tính giám định kỹ thuật, đánh giá chất lượng theo yêu cầu của tổ chức, cá nhân được thu với mức phí thỏa thuận nhưng không được vượt quá 03 lần mức phí cơ bản.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/10/2013 và thay thế các Quyết định sau: Quyết định số 10/2003/QĐ-BTC ngày 24/01/2003; Quyết định số 13/2004/QĐ-BTC ngày 14/01/2004; Quyết định số 101/2008/QĐ-BTC ngày 11/11/2008.