Cũng theo đó, Thông tư quy định mức lệ phí cấp giấy Chứng nhận như sau:
Đối với hộ gia đình, cá nhân tại các quận thuộc thành phố trực thuộc Trung ương; phường nội thành thuộc thành phố hoặc thị xã trực thuộc tỉnh: Mức thu tối đa không quá 100.000 đồng/giấy đối với cấp mới; tối đa không quá 50.000 đồng/lần cấp đối với cấp lại, cấp đổi, xác nhận bổ sung vào Giấy chứng nhận. Trường hợp Giấy chứng nhận cấp cho hộ gia đình, cá nhân chỉ có quyền sử dụng đất thì áp dụng mức thu tối đa không quá 25.000 đồng/giấy cấp mới; tối đa không quá 20.000 đồng/lần cấp đổi, cấp lại.
Đối với tổ chức: Mức thu tối đa không quá 500.000 đồng/giấy. Trường hợp Giấy chứng nhận cấp cho tổ chức chỉ có quyền sử dụng đất thì áp dụng mức thu tối đa không quá 100.000 đồng/giấy. Trường hợp cấp lại, cấp đổi, xác nhận bổ sung vào Giấy chứng nhận: Mức thu tối đa không quá 50.000 đồng/lần cấp.
Ngoài ra, Thông tư quy định miễn nộp lệ phí cấp Giấy chứng nhận đối với hộ gia đình, cá nhân ở nông thôn và trường hợp đã được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất ở, Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở, Giấy chứng nhận quyền sở hữu công trình xây dựng trước ngày Nghị định số 88/2009/NĐ-CP ngày 19/10/2009 của Chính phủ có hiệu lực thi hành (ngày 10/12/2009) mà có nhu cầu cấp đổi Giấy chứng nhận.
Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày, kể từ ngày ký. Bãi bỏ quy định về lệ phí địa chính khi: Cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, chứng nhận đăng ký biến động về đất đai, cấp lại, cấp đổi giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, xác nhận tính pháp lý của các giấy tờ nhà đất (tại mục b3, điểm 4, phần III Thông tư số 97/2006/TT-BTC ngày 16/10/2006 của Bộ Tài chính hướng dẫn về phí lệ phí thuộc thẩm quyền của Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương) và quy định về lệ phí cấp Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở.