Nguyên tắc xác định hình thức xử phạt và mức phạt tiền: Đối với những hành vi vi phạm vừa có thể áp dụng hình thức xử phạt cảnh cáo, vừa có thể áp dụng hình thức phạt tiền, thì hình thức xử phạt cảnh cáo được áp dụng đối với vi phạm lần đầu và không có tình tiết tăng nặng.Trường hợp không thuộc đối tượng được áp dụng hình thức phạt cảnh cáo nêu trên, thì áp dụng hình thức phạt tiền. Tổ chức bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kho bạc nhà nước không được sử dụng tiền ngân sách nhà nước hoặc tiền có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước để nộp phạt và khắc phục hậu quả do hành vi vi phạm của mình gây ra. Sau khi chấp hành quyết định xử phạt, tổ chức bị xử phạt xác định cá nhân có lỗi gây ra vi phạm hành chính để xác định trách nhiệm pháp lý, bao gồm cả việc nộp lại khoản tiền phạt và khắc phục hậu quả do hành vi vi phạm của mình gây ra tương ứng với mức độ vi phạm của cá nhân đó.
Về lập biên bản xử phạt vi phạm hành chính: Khi phát hiện hành vi vi phạm, người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kho bạc nhà nước; công chức Kho bạc Nhà nước được giao nhiệm vụ kiểm soát chi ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước phải kịp thời lập biên bản vi phạm hành chính.
Cũng theo Thông tư này, tổ chức có hành vi sử dụng con dấu giả hoặc giả chữ ký của người có thẩm quyền ký; sửa đổi trái phép nội dung hoặc số tiền trên hồ sơ, chứng từ chi ngân sách Nhà nước gửi Kho bạc Nhà nước hoặc làm giả các loại hồ sơ, chứng từ có liên quan (HĐ, bảo lãnh tạm ứng, quyết định phê duyệt kết quả chọn nhà thầu, hóa đơn thu tiền và các tài liệu khác liên quan đến khoản chi) đề nghị chi ngân sách Nhà nước để thanh toán, chi trả các khoản chi thường xuyên hoặc chi sự nghiệp có tính chất thường xuyên của ngân sách Nhà nước, sẽ bị phạt từ 05 - 10 triệu đồng. Trường hợp lập hồ sơ, chứng từ giả mạo gửi Kho bạc Nhà nước để thanh toán, chi trả các khoản chi đầu tư xây dựng cơ bản hoặc chi sự nghiệp có tính chất đầu tư của ngân sách Nhà nước, mức phạt tiền là 30 - 50 triệu đồng. Đối với tổ chức có hành vi vi phạm bị phát hiện sau khi Kho bạc Nhà nước đã thực hiện thanh toán, chi trả, sẽ bị buộc phải thu hồi toàn bộ các khoản đã chi từ việc sử dụng hồ sơ, chứng từ giả mạo đối với các hành vi vi phạm nêu trên.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/07/2014.