Quỹ vắc-xin phòng Covid-19 Việt Nam hoạt động theo Quy chế tổ chức, hoạt động, quản lý và sử dụng do Bộ Tài chính ban hành. Bộ máy quản lý Quỹ sử dụng là các cán bộ, công chức của Bộ Tài chính, hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm do Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định. Kinh phí hoạt động của bộ máy quản lý Quỹ do ngân sách nhà nước chi trả, không sử dụng từ nguồn thu của Quỹ.
Quỹ hoạt động không vì mục đích lợi nhuận, sử dụng vốn đúng mục đích và phù hợp với quy định của pháp luật, đảm bảo công khai, minh bạch, tiết kiệm, hiệu quả. Quỹ chịu sự kiểm tra, thanh tra, kiểm toán về các hoạt động tài chính của Quỹ của các cơ quan quản lý nhà nước về tài chính và Kiểm toán nhà nước; giám sát của Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và cộng đồng.
Quỹ thực hiện chế độ báo cáo kế toán, quyết toán, công khai, minh bạch tài chính Quỹ theo quy định của Luật Kế toán và hướng dẫn của Bộ Tài chính. Ngoài ra, Quỹ có trách nhiệm báo cáo tình hình thực hiện thu, chi, quyết toán tài chính Quỹ để tổng hợp chung nguồn lực báo cáo Chính phủ, Quốc hội trong các báo cáo về kinh tế - xã hội và ngân sách nhà nước; thực hiện công khai số tiền huy động, danh sách các tổ chức, cá nhân tài trợ, đóng góp, nội dung và số tiền đã chi, số dư quỹ còn lại (nếu có).
Quỹ vắc-xin phòng Covid-19 Việt Nam sẽ tự chấm dứt hoạt động và giải thể sau khi cơ quan có thẩm quyền công bố hoàn thành việc tiêm vắc-xin phòng dịch Covid-19 cho người dân; số dư Quỹ (nếu có) được nộp toàn bộ vào ngân sách trung ương để bổ sung nguồn lực mua vắc-xin cho Chương trình tiêm chủng mở rộng của Nhà nước.
Vụ Phổ biến, giáo dục pháp luật