Theo Thông tư này, nghĩa vụ trả tiền bảo hiểm phát sinh kể từ thời điểm Ngân hàng Nhà nước có văn bản chấm dứt kiểm soát đặc biệt hoặc văn bản chấm dứt áp dụng hoặc văn bản không áp dụng các biện pháp phục hồi khả năng thanh toán mà tổ chức tín dụng tham gia bảo hiểm tiền gửi vẫn lâm vào tình trạng phá sản; hoặc khi Ngân hàng Nhà nước có văn bản xác định chi nhánh ngân hàng nước ngoài tham giao bảo hiểm tiền gửi mất khả năng chi trả tiền gửi cho người gửi tiền.
Trong 10 ngày, kể từ thời điểm phát sinh nghĩa vụ trả tiền bảo hiểm, tổ chức tín dụng tham gia bảo hiểm tiền gửi nêu trên phải gửi hồ sơ đề nghị trả tiền bảo hiểm tới Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam; trong 05 ngày, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam tiến hành kiểm tra chứng từ, sổ sách để xác định số tiền cần phải chi trả. Tiếp theo, trong 10 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra, Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam phải có phương án trả tiền bảo hiểm cho người được bảo hiểm tiền gửi; thông báo về thời gian, địa điểm, phương thức trả tiền trên báo; niêm yết danh sách người được trả tiền và số tiền phải trả cho từng người…
Khoản tiền mà Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam phải trả cho người gửi tiền được bảo hiểm tại tổ chức tín dụng phá sản được xác định theo danh sách người được trả tiền và số tiền phải trả cho từng người. Sau khi hoàn thành nghĩa vụ trả tiền bảo hiểm cho người gửi, Bảo hiểm tiền gửi Việt Nam sẽ được thanh toán khoản tiền đã trả theo thứ tự phân chia giá trị tài sản của tổ chức tín dụng bị phá sản.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 24 tháng 10 năm 2014. Bãi bỏ khoản 2 Mục 1, Mục 2, Mục 3, Mục 4, Mục 5 và Mục 6 Thông tư số 03/2006/TT-NHNN ngày 25 tháng 4 năm 2006 về việc hướng dẫn một số nội dung tại Nghị định số 89/1999/NĐ-CP ngày 01 tháng 9 năm 1999 của Chính phủ về bảo hiểm tiền gửi và Nghị định số 109/2005/NĐ-CP ngày 24 tháng 8 năm 2005 sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 89/1999/NĐ-CP.