Theo quy định tại Thông tư này, Thanh tra cấp tỉnh và cấp huyện được bổ sung chức năng tham mưu quản lý Nhà nước về phòng chống tham nhũng; tiến hành xác minh kê khai tài sản, thu nhập theo quy định của pháp luật về phòng, chống tham nhũng; tổng hợp kết quả kê khai, công khai, xác minh, kết luận, xử lý vi phạm về minh bạch tài sản, thu nhập trong phạm vi địa phương mình; định kỳ báo cáo kết quả về Thanh tra Chính phủ đối với thanh tra tỉnh và báo cáo về thanh tra tỉnh đối với thanh tra huyện. Ngoài ra, cơ quan Thanh tra địa phương còn được bổ sung thêm các nhiệm vụ, quyền hạn cho phù hợp với Luật thanh tra năm 2010 và các quy định mới về khiếu nại, tố cáo như: thẩm quyền quyết định thanh tra đột xuất khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật; quyền giám sát, kiểm tra, thanh tra lại của cơ quan thanh tra cấp trên đối với thanh tra cấp dưới theo tinh thần Luật thanh tra 2010. Thanh tra tỉnh cũng thanh tra đối với doanh nghiệp nhà nước do Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh thành lập và các cơ quan, đơn vị khác theo đột xuất khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật.
Về cơ cấu tổ chức, Thanh tra tỉnh có Chánh Thanh tra và không quá 03 Phó Chánh Thanh tra, đối với thành phố Hà Nội có không quá 04 Phó Chánh Thanh tra. Cơ cấu tổ chức các phòng của Thanh tra tỉnh gồm:
-Văn phòng;
- Các Phòng Thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo 1, 2, 3...;
- Phòng Thanh tra phòng, chống tham nhũng và Phòng Giám sát, kiểm tra và xử lý sau thanh tra.
Căn cứ vào tính chất, đặc điểm và yêu cầu quản lý nhà nước đối với công tác thanh tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng, chống tham nhũng tại địa phương, Chánh Thanh tra tỉnh chủ trì, phối hợp với Giám đốc Sở Nội vụ trình Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định số lượng và tên gọi các phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Thanh tra tỉnh những số lượng phòng, văn phòng không quá 07; đối với thành phố Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh không quá 09.
Đối với Thanh tra huyện có Chánh Thanh tra và không quá 02 Phó Chánh Thanh tra.
Thông tư liên tịch này có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 11 năm 2014 và thay thế Thông tư liên tịch số 475/2009/TTLT-TTCP-BNV ngày 13 tháng 3 năm 2009 của Thanh tra Chính phủ và Bộ Nội vụ Hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Thanh tra huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh.