Thông tư quy định 08 khu vực quan trắc môi trường gồm: khu vực miền núi phía Bắc, khu vực Đồng bằng sông Hồng, khu vực Bắc Trung Bộ, khu vực Nam Trung Bộ, khu vực Đông Nam Bộ, khu vực Tây Nam Bộ, khu vực Tây Nguyên và khu vực ven biển, hải đảo, biển Việt Nam.
Nội dung quan trắc môi trường gồm: Chất lượng môi trường nước trong vùng sản xuất, chế biến nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản, diêm nghiệp, công trình thủy lợi, nước sinh hoạt nông thôn và vùng chăn nuôi tập trung; chất lượng môi trường đất trong vùng sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản, diêm nghiệp và vùng chăn nuôi tập trung; chất lượng môi trường không khí trong các khu vực chăn nuôi, giết mổ tập trung, nuôi trồng thủy sản, cảng cá và vùng sản xuất, chế biến nông sản, lâm sản, thủy sản.
Khi phát hiện môi trường có diễn biến bất lợi hoặc có nguy cơ bất lợi cho sản xuất nông nghiệp ở 01 địa phương (tỉnh hoặc thành phố trực thuộc Trung ương), đơn vị quan trắc môi trường có trách nhiệm báo cáo cho Vụ Khoa học Công nghệ và Môi trường, các Tổng cục, Cục chuyên ngành có liên quan thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn biết để phối hợp; thông báo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có liên quan để Sở trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ra quyết định cảnh báo và chỉ đạo các cơ sở sản xuất ứng phó kịp thời.
Khi phát hiện môi trường có diễn biến bất lợi hoặc có nguy cơ bất lợi cho sản xuất nông nghiệp từ 02 địa phương trở lên, đơn vị quan trắc môi trường hoặc các đơn vị, tổ chức, cá nhân có liên quan có trách nhiệm báo cáo về Vụ Khoa học Công nghệ và Môi trường, các Tổng cục, Cục chuyên ngành có liên quan thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để các Tổng cục, Cục trình Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ra quyết định cảnh báo và chỉ đạo các địa phương ứng phó kịp thời; thông báo cho Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có liên quan biết để phối hợp.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 29/10/2014.