Theo Nghị định, đơn vị sự nghiệp công được xác định giá dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng kinh phí ngân sách Nhà nước theo cơ chế thị trường, được tự quyết định các khoản thu, mức thu bảo đảm bù đắp chi phí hợp lý, có tích lũy theo quy định của pháp luật đối với từng lĩnh vực; trừ dịch vụ khám, chữa bệnh và dịch vụ giáo dục, đào tạo tại các cơ sở khám, chữa bệnh và cơ sở giáo dục, đào tạo của Nhà nước, vẫn thực hiện theo quy định của pháp luật về giá.
Đối với dịch vụ sự nghiệp công sử dụng kinh phí Nhà nước, giá dịch vụ được xác định trên cơ sở định mức kinh tế - kỹ thuật, định mức chi phí do cơ quan có thẩm quyền ban hành, theo lộ trình do Nhà nước quy định. Từ nay đến năm 2016, giá dịch vụ sự nghiệp công chỉ bao gồm chi phí tiền lương và chi phí trực tiếp, chưa bao gồm chi phí quản lý, khấu hao tài sản cố định. Từ sau năm 2016 đến năm 2018, giá dịch vụ đã bao gồm thêm chi phí quản lý và đến năm 2020, giá dịch vụ được tính đủ chi phí tiền lương, chi phí trực tiếp, chi phí quản lý và khấu hao tài sản cố định.
Về tự chủ tổ chức bộ máy, nhân sự: đơn vị sự nghiệp công được quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể các đơn vị không thuộc cơ cấu tổ chức các đơn vị cấu thành theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền, khi đáp ứng các tiêu chí, điều kiện, tiêu chuẩn theo quy định của pháp luật; xây dựng phương án sắp xếp lại các đơn vị cấu thành trình cơ quan có thẩm quyền quyết định. Đơn vị sự nghiệp công xây dựng vị trí việc làm và cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp trình cấp có thẩm quyền phê duyệt; tuyển dụng, sử dụng, bổ nhiệm, miễn nhiệm, khen thưởng, kỷ luật và quản lý viên chức, người lao động theo quy định của pháp luật; thuê hợp đồng lao động để thực hiện nhiệm vụ. Riêng đơn vị sự nghiệp công tự bảo đảm một phần chi thường xuyên và đơn vị sự nghiệp công do ngân sách nhà nước bảo đảm chi thường xuyên có trách nhiệm xây dựng phương án sắp xếp, kiện toàn cơ cấu tổ chức của đơn vị trình cơ quan có thẩm quyền quyết định.
Về tài chính, Chính phủ cho phép các đơn vị sự nghiệp công được chủ động xây dựng danh mục các dự án đầu tư dựa vào nhu cầu đầu tư, khả năng cân đối các nguồn tài chính và báo cáo cơ quan có thẩm quyền phê duyệt; được vay vốn tín dụng ưu đãi của Nhà nước hoặc được hỗ trợ lãi suất cho các dự án đầu tư sử dụng vốn vay của các tổ chức tín dụng theo quy định.
Hàng năm, sau khi hạch toán đầy đủ các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp ngân sách Nhà nước khác, phần chênh lệch thu lớn hơn chi thường xuyên (nếu có), đơn vị được trích tối thiểu 25% để lập Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp; trích lập Quỹ bổ sung thu nhập và trích tối đa 03 tháng tiền lương, tiền công thực hiện trong năm vào Quỹ khen thưởng và Quỹ phúc lợi.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 06/04/2015.