Đối tượng chịu phí tuyến đường Pháp Vân - Cầu Giẽ, thành phố Hà Nội là các phương tiện giao thông cơ giới đường bộ và xe máy chuyên dùng tham gia giao thông đường bộ. Người nộp phí bao gồm: phương tiện giao thông cơ giới đường bộ và xe máy chuyên dùng tham gia giao thông đường bộ. Ngoài ra, Thông tư 45 còn quy định trường hợp được miễn phí theo Điều 5 Thông tư số 159/2013/TT-BTC ngày 14/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí sử dụng đường bộ để hoàn vốn đầu tư xây dựng đường bộ: xe cứu thương, xe cứu hỏa, xe máy nông nghiệp, lâm nghiệp, xe hộ đê, xe làm nhiệm vụ khẩn cấp về chống lụt bão, xe chuyên dùng phục vụ quốc phòng, an ninh.
Cũng theo Thông tư số 45, mức thu phí cụ thể dao động từ 10.000 – 180.000 đồng/vé/lượt tùy theo đoạn tuyến và theo loại phương tiện. Đoạn tuyến được đề xuất mức phí thấp nhất là đoạn Vạn Điểm - cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình và ngược lại với mức thu từ 10.000 - 40.000 đồng/vé/lượt tùy loại phương tiện. Đoạn tuyến được đề xuất mức phí cao nhất là đoạn Pháp Vân - Cầu Giẽ - Hà Nam và ngược lại mức thu từ 45.000 - 180.000 đồng/vé/lượt tùy loại phương tiện. Đoạn tuyến Pháp Vân - cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình và ngược lại cũng được đề xuất mức thu từ 45.000 - 175.000 đồng/vé/lượt tùy loại phương tiện. Các phương tiện cũng có thể sử dụng vé tháng với mức từ 300.000 - 5.400.000 đồng/vé/tháng; vé quý với mức từ 810.000 - 14.580.000 đồng/vé/quý tùy theo đoạn tuyến và theo loại phương tiện.
Ngoài ra, Thông tư số 45 còn quy định cụ thể quy trình thu phí trên tuyến đường này. Chủ phương tiện mua vé tháng, vé quý sẽ được cấp thẻ vé tháng, thẻ vé quý và chứng từ thu phí. Tổng số tiền thu phí hàng năm sau khi trừ các khoản thuế theo quy định được xác định là khoản tiền thu phí hoàn vốn theo phương án tài chính của Hợp đồng BOT Dự án đầu tư nâng cấp tuyến đường Pháp Vân - Cầu Giẽ, Hà Nội.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 23/5/2015.