Tổ chức, cá nhân khi nộp hồ sơ đề nghị cấp Giấy phép sản xuất, kinh doanh sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp chuẩn sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp quy sản phẩm mật mã dân sự phải nộp phí thẩm định; khi được cấp Giấy phép sản xuất, kinh doanh sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp chuẩn sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp quy sản phẩm mật mã dân sự phải nộp lệ phí. Ban Cơ yếu Chính phủ là cơ quan tổ chức thu, nộp, quản lý và sử dụng phí và lệ phí này. Tổ chức, cá nhân nộp phí, lệ phí bằng tiền mặt trực tiếp cho cơ quan thu phí, lệ phí hoặc chuyển khoản vào tài khoản của cơ quan thu phí, lệ phí mở tại kho bạc nhà nước.
Lệ phí cấp Giấy phép sản xuất, kinh doanh sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp chuẩn sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp quy sản phẩm mật mã dân sự là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu phí, lệ phí nộp 100% tổng số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Chương, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Phí thẩm định cấp Giấy phép sản xuất, kinh doanh sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp chuẩn sản phẩm mật mã dân sự, Giấy chứng nhận hợp quy sản phẩm mật mã dân sự là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu phí, lệ phí được trích để lại 90% trên tổng số tiền phí thẩm định thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước để chi cho nội dung sau đây: chi phí phục vụ trực tiếp cho việc thực hiện thu phí, lệ phí như: văn phòng phẩm, vật tư văn phòng, thông tin liên lạc, điện, nước, công tác phí theo tiêu chuẩn, định mức hiện hành; chi sửa chữa thường xuyên, sửa chữa lớn tài sản, máy móc, thiết bị phục vụ trực tiếp cho thực hiện công tác thẩm định và thu phí, lệ phí; chi mua sắm vật tư, nguyên liệu và các khoản chi khác liên quan trực tiếp đến việc thực hiện công tác thẩm định và thu phí, lệ phí. Số tiền phí thẩm định còn lại (10%), cơ quan thu phí, lệ phí phải nộp vào ngân sách nhà nước.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 27/7/2015.