Hội đồng Cạnh tranh được tổ chức theo quy định tại Điều 4 Nghị định số 07/2015/NĐ-CP ngày 16/01/2015 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Hội đồng Cạnh tranh. Thành viên Hội đồng Cạnh tranh làm việc kiêm nhiệm hoặc chuyên trách theo quyết định bổ nhiệm của Thủ tướng Chính phủ. Hội đồng Cạnh tranh có không quá ba Phó Chủ tịch.
Đối với hoạt động tổ chức xử lý, giải quyết vụ việc hạn chế cạnh tranh, Quy chế quy định Văn phòng Hội đồng Cạnh tranh có trách nhiệm tiếp nhận báo cáo điều tra và hồ sơ vụ việc hạn chế cạnh tranh, báo cáo Chủ tịch Hội đồng Cạnh tranh trong thời hạn chậm nhất là 05 ngày làm việc. Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ, Chủ tịch Hội đồng Cạnh tranh ban hành Quyết định về việc thành lập Hội đồng xử lý vụ việc cạnh tranh gồm ít nhất 05 thành viên của Hội đồng Cạnh tranh, trong đó có một thành viên làm Chủ tọa Phiên điều trần để giải quyết một vụ việc cạnh tranh cụ thể. Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận được báo cáo điều tra và hồ sơ vụ việc hạn chế cạnh tranh, Chủ tọa Phiên điều trần có trách nhiệm triệu tập cuộc họp toàn thể Hội đồng xử lý vụ việc cạnh tranh để thảo luận về nội dung của báo cáo điều tra và hồ sơ vụ việc cạnh tranh. Trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày nhận được hồ sơ vụ việc cạnh tranh, Hội đồng xử lý vụ việc cạnh tranh ban hành một trong các quyết định quy định tại Khoản 2 Điều 99 Luật Cạnh tranh.
Văn phòng Hội đồng Cạnh tranh tiếp nhận đơn khiếu nại Quyết định xử lý vụ việc cạnh tranh, chuyển đến Chủ tịch Hội đồng Cạnh tranh và Hội đồng đã xử lý vụ việc cạnh tranh đó. Trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày nhận được hồ sơ khiếu nại và kiến nghị của Hội đồng xử lý vụ việc cạnh tranh, Chủ tịch Hội đồng Cạnh tranh triệu tập toàn thể Hội đồng để xem xét kiến nghị của Hội đồng xử lý vụ việc cạnh tranh và ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại. Cuộc họp phải có ít nhất quá nửa số thành viên Hội đồng tham dự.
Thành viên Hội đồng Cạnh tranh làm việc kiêm nhiệm hưởng chế độ kiêm nhiệm theo Quyết định số 82/2010/QĐ-TTg ngày 15/12/2010 của Thủ tướng Chính phủ về chế độ bồi dưỡng đối với Thành viên Hội đồng Cạnh tranh kiêm nhiệm và người tiến hành, tham gia tố tụng cạnh tranh tại Phiên điều trần. Thành viên Hội đồng Cạnh tranh làm việc chuyên trách hưởng lương và phụ cấp chức vụ theo quyết định bổ nhiệm của Thủ tướng Chính phủ.
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/8/2015