Theo Thông tư, Trạm Y tế xã, phường, thị trấn (gọi chung là Trạm Y tế xã) có chức năng cung cấp, thực hiện các dịch vụ chăm sóc sức khoẻ ban đầu cho nhân dân trên địa bàn xã. Trạm Y tế xã là đơn vị y tế thuộc Trung tâm Y tế huyện, chịu sự quản lý toàn diện, điều hành trực tiếp của Giám đốc Trung tâm Y tế huyện và chịu sự lãnh đạo, chỉ đạo của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp xã trong việc thực hiện các nhiệm vụ theo quy định của pháp luật.
Trạm y tế xã được giao 09 nhóm nhiệm vụ, trong đó có: Thực hiện các hoạt động chuyên môn, kỹ thuật về tiêm chủng vắc xin phòng bệnh; giám sát, thực hiện các biện pháp kỹ thuật phòng, chống bệnh truyền nhiễm, HIV/AIDS, bệnh không lây nhiễm, bệnh chưa rõ nguyên nhân; phát hiện và báo cáo kịp thời các bệnh, dịch; thực hiện sơ cứu, cấp cứu ban đầu; tổ chức khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng theo phân tuyến kỹ thuật và phạm vi hoạt động chuyên môn theo quy định của pháp luật; tham gia khám sơ tuyển nghĩa vụ quân sự; triển khai các hoạt động chuyên môn, kỹ thuật về quản lý thai; hỗ trợ đẻ và đỡ đẻ thường; thực hiện các kỹ thuật chuyên môn về chăm sóc sức khỏe bà mẹ, trẻ em theo phân tuyến kỹ thuật và phạm vi hoạt động chuyên môn theo quy định của pháp luật; cung ứng thuốc thiết yếu (quản lý các nguồn thuốc, vắc xin được giao theo quy định; phát triển vườn thuốc nam mẫu phù hợp với điều kiện thực tế ở địa phương); quản lý sức khỏe cộng đồng.
Ngoài ra, Trạm Y tế xã còn thực hiện truyền thông, giáo dục sức khoẻ, hướng dẫn về chuyên môn và hoạt động đối với đội ngũ nhân viên y tế thôn, bản; phối hợp với các cơ quan liên quan triển khai thực hiện công tác dân số - kế hoạch hóa gia đình; tham gia kiểm tra các hoạt động hành nghề y, dược tư nhân và các dịch vụ có nguy cơ ảnh hưởng đến sức khỏe nhân dân; Thường trực Ban Chăm sóc sức khỏe cấp xã về công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân trên địa bàn…
Trạm Y tế xã có Trưởng trạm và 01 Phó trưởng trạm. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm Trưởng trạm, Phó Trưởng trạm và luân chuyển, điều động viên chức làm việc tại Trạm Y tế do Giám đốc Trung tâm Y tế huyện quyết định theo thẩm quyền và phân cấp quản lý ở địa phương.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 14 /12/2015. Bãi bỏ các quy định về chức năng, nhiệm vụ của Trạm y tế xã, phường, thị trấn quy định tại Thông tư số 08/TT-LB ngày 20/4/1995 của liên Bộ Y tế, Bộ Tài chính, Bộ Lao động - Thương binh và xã hội, Ban Tổ chức cán bộ Chính phủ hướng dẫn một số vấn đề về tổ chức và chế độ chính sách đối với y tế cơ sở kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực.