Ngày 01/4/2016, Bộ Quốc phòng ban hành Thông tư số 46/2016/TT-BQP quy định tuyến chuyên môn kỹ thuật khám, chữa bệnh, đăng ký và chuyển tuyến khám bệnh, chữa bệnh đối với các đối tượng thuộc Bộ Quốc phòng quản lý.
Thông tư quy định tuyến chuyên môn kỹ thuật khám, chữa bệnh; danh mục kỹ thuật khám bệnh, chữa bệnh; chỉ đạo, hỗ trợ tuyến về chuyên môn kỹ thuật; đăng ký khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế ban đầu và chuyển tuyến khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế đối với quân nhân, công nhân, viên chức quốc phòng, người làm việc trong tổ chức cơ yếu và các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc phòng quản lý.
Thông tư trên được áp dụng đối với các cơ sở khám bênh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc phòng quản lý; quân nhân, công nhân, viên chức quốc phòng đang công tác, học tập tại các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng khi đi khám bệnh, chữa bệnh; người làm công tác cơ yếu hưởng lương như đối với quân nhân, học viên cơ yếu hưởng sinh hoạt phí, người làm công tác khác trong tổ chức cơ yếu.
Hệ thống cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thuộc Bộ Quốc phòng quản lý được phân thành 4 tuyến chuyên môn kỹ thuật, đồng thời cũng là tuyến khám bệnh, chữa bệnh bảo hiểm y tế, gồm:Tuyến 1 tương đương cơ sở khám bệnh, chữa bệnh tuyến trung ương; Tuyến 2 tương đương cơ sở khám bệnh, chữa bệnh tuyến tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Tuyến 3 tương đương cơ sở khám bệnh, chữa bệnh tuyến huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh; Tuyến 4 tương đương cơ sở khám bệnh, chữa bệnh tuyến xã, phường, thị trấn.
Thông tư trên có hiệu lực thi hành kể từ ngày 18/5/2016, thay thế Quyết định số 266/QĐ-BQP ngày 18/02/2003 của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng về việc giao nhiệm vụ cho các bệnh viện quân y tuyến trên giúp đỡ các bệnh viện, bệnh xá quân y tuyến dưới về chuyên môn kỹ thuật và Văn bản số 4111/BQP-QY ngày 4/6/2013 của Bộ Quốc phòng về việc giao Cục Quân y thẩm định, phê duyệt danh mục kỹ thuật các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh Quân đội.