Thông tư cũng quy định về tiêu chí xác định sản phẩm và chỉ tiêu an toàn thực phẩm cần giám sát như sau: Sản phẩm, chỉ tiêu bị phát hiện vi phạm quy định về an toàn thực phẩm theo phản ánh của người tiêu dùng, cảnh báo của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về an toàn thực phẩm; cảnh báo của cơ quan thẩm quyền nước nhập khẩu; Sản phẩm, chỉ tiêu bị phát hiện không bảo đảm an toàn thực phẩm từ kết quả thanh tra, kiểm tra, giám sát an toàn thực phẩm của năm trước; Sản phẩm, chỉ tiêu gây ra các vụ ngộ độc thực phẩm tập thể; và theo yêu cầu của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Ngoài ra, Thông tư còn quy định về việc xử lý khi kết quả kiểm nghiệm mẫu giám sát không bảo đảm an toàn thực phẩm. Cụ thể: Ngay sau khi có kết quả kiểm nghiệm mẫu giám sát không bảo đảm an toàn thực phẩm, cơ quan giám sát thực hiện nội dung sau: Thông báo bằng văn bản tới cơ sở có mẫu không bảo đảm an toàn thực phẩm, yêu cầu truy xuất nguồn gốc, thu hồi sản phẩm không bảo đảm an toàn thực phẩm, Điều tra nguyên nhân, thực hiện hành động khắc phục và báo cáo kết quả về cơ quan giám sát. Việc truy xuất nguồn gốc và thu hồi sản phẩm không bảo đảm an toan thực phẩm được thực hiện theo quy định tại Thông tư số 03/2011/TT-BNNPTNT ngày 21/01/2011 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về truy xuất nguồn gốc và thu hồi sản phẩm không đảm bảo chất lượng, an toàn thực phẩm trong lĩnh vực thủy sản và Thông tư số
74/2011/TT-BNNPTNT ngày 31/10/2011 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về truy xuất nguồn gốc, thu hồi và xử lý thực phẩm nông lâm sản không bảo đảm an toàn; Thông báo bằng văn bản kết quả giám sát tới các cơ quan chức năng địa phương được phân công quản lý an toàn thực phẩm tại công đoạn sản xuất kinh doanh có mẫu giám sát phát hiện không bảo đảm an toàn thực phẩm để có biện pháp kiểm soát phù hợp…
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 15/7/2016