Theo Thông tư, nguyên tắc nội dung phòng, chống thiên tai phải được lồng ghép vào quy hoạch, kế hoạch phát triển ngành, kinh tế - xã hội. Căn cứ vào loại hình đánh giá, loại hình rủi ro do thiên tai, phân vùng rủi ro thiên tai ứng với mỗi loại hình và cấp độ rủi ro thiên tai của ngành và địa phương để lồng ghép nội dung phòng, chống thiên tai. Ưu tiên các công trình đa mục tiêu, kết hợp giải pháp công trình và phi công trình, hướng tới phát triển bền vững và đối tượng dễ bị tổn thương trong lồng ghép nội dung phòng, chống thiên tai. Bên cạnh đó, nguồn vốn cho công tác phòng, chống thiên tai được lồng ghép, cân đối trong quá trình lập đề cương, nhiệm vụ quy hoạch, trong quá trình xây dựng dự toán ngân sách kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội, kế hoạch đầu tư phát triển.
Cũng theo Thông tư, Quy trình thực hiện lồng ghép nội dung phòng, chống thiên tai vào quy hoạch, kế hoạch phát triển ngành, kinh tế-xã hội cụ thể gồm các bước: Rà soát đánh giá việc thực hiện nội dung phòng, chống thiên tai trong thực hiện quy hoạch, kế hoạch của giai đoạn trước; Phân tích tình trạng và khả năng chống chịu thiên tai của các đối tượng dễ bị tổn thương trong tương lai về kinh tế, xã hội và môi trường; Xác định các nguyên nhân, gồm cả nguyên nhân khách quan, chủ quan dẫn đến thiệt hại của từng lĩnh vực kinh tế, xã hội và môi trường. Đồng thời, xác định các giải pháp phòng, chống thiên tai theo thứ tự ưu tiên phù hợp với các loại hình thiên tai thường xuyên xảy ra và giám sát, đánh giá việc thực hiện lồng ghép.
Ngoài ra, Thông tư còn quy định các bộ, ngành, địa phương căn cứ các nguồn vốn được giao trong kế hoạch trung hạn và hằng năm để thực hiện nội dung lồng ghép phòng, chống thiên tai vào các quy hoạch, kế hoạch phát triển ngành, kinh tế - xã hội gồm vốn đầu tư nguồn ngân sách nhà nước, vốn đầu tư của ngân sách Trung ương của bộ, ngành trung ương, vốn bổ sung có mục tiêu của ngân sách Trung ương cho địa phương, vốn đầu tư trong cân đối ngân sách địa phương, vốn đầu tư nguồn trái phiếu Chính phủ và nguồn vốn trái phiếu chính quyền địa phương, quỹ Phòng, chống thiên tai, vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) và vốn vay ưu đãi của các nhà tài trợ nước ngoài, vốn tín dụng đầu tư phát triển của Nhà nước, nguồn kinh phí chi thường xuyên cho công tác lập kế hoạch, điều chỉnh quy hoạch và xây dựng kế hoạch phát triển ngành, kinh tế - xã hội, các nguồn vốn hợp pháp khác theo quy định của pháp luật. Các bộ, ngành, ủy ban nhân dân các cấp có trách nhiệm ưu tiên vốn đầu tư trong kế hoạch hằng năm và trung hạn để xây dựng các công trình phòng, chống thiên tai phục vụ cho phát triển kinh tế - xã hội trên địa bàn…
Thông tư có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20/7/2016