Quyết định này quy định thủ tục điện tử áp dụng Cơ chế một của quốc gia đối với: Thủ tục tàu biển Việt Nam và nước ngoài nhập cảnh tại cảng biển, cảng thủy nội địa; Thủ tục tàu biển Việt Nam và nước ngoài xuất cảnh tại cảng biển, cảng thủy nội địa; Thủ tục tàu biển nước ngoài quá cảnh; Thủ tục tàu biển nhập cảnh tại cảng dầu khí ngoài khơi; Thủ tục tàu biển xuất cảnh tại cảng dầu khí ngoài khơi; Thủ tục tàu biển hoạt động tuyến nội địa vào cảng biển, cảng thủy nội địa; Thủ tục tàu biển hoạt động tuyến nội địa rời cảng biển, cảng thủy nội địa; Thủ tục phương tiện thủy nội địa Việt Nam, Campuchia nhập cảnh tại cảng biển, cảng thủy nội địa Việt Nam; Thủ tục phương tiện thủy nội địa Việt Nam, Campuchia xuất cảnh tại cảng biển, cảng thủy nội địa Việt Nam. Quyết định này không áp dụng đối với các loại tàu thuyền khác theo quy định tại Điều 50, Điều 58 Nghị định số 21/2012/NĐ-CP ngày 21 tháng 3 năm 2012 của Chính phủ quy định về quản lý cảng biển và luồng hàng hải, tàu thuyền không có số hiệu (số IMO).
Đối tượng áp dụng Quyết định này là: Các tổ chức, cá nhân, tàu biển Việt Nam và tàu biển nước ngoài, phương tiện thủy nội địa Việt Nam và nước ngoài; Các cơ quan quản lý nhà nước chuyên ngành tại cảng biển, cảng thủy nội địa và cảng dầu khí ngoài khơi (sau đây gọi tắt là cảng); Các tổ chức tín dụng tham gia cung cấp dịch vụ thanh toán điện tử đối với các khoản thuế, phí, lệ phí khi thực hiện các thủ tục quy định tại Điều 1 Quyết định này; Các tổ chức cung cấp chứng thư số do Bộ Thông tin và Truyền thông cấp phép.
Theo Quyết định này, chậm nhất 02 giờ trước giờ dự kiến đến cửa khẩu, phương tiện thủy nội địa Việt Nam, Campuchia nhập cảnh tại cảng biển, cảng thủy nội địa Việt Nam phải nộp chứng từ điện tử qua Cổng thông tin một cửa quốc gia. Chậm nhất 30 phút từ khi hoàn thành các thủ tục khai báo điện tử và xuất trình đầy đủ các giấy tờ theo quy định, cảng vụ sẽ cấp Giấy phép điện tử cho phương tiện vào cảng thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.
Tương tự đối với trường hợp xuất cảnh tại cảng biển, cảng thủy nội địa, chủ phương tiện hoặc người điều khiển phương tiện thủy nội địa Việt Nam, Campuchia phải nộp chứng từ điện tử chậm nhất 02 giờ trước khi rời cảng. Giấy phép điện tử sẽ được cấp cho phương tiện chậm nhất 30 phút kể từ khi hoàn thành các thủ tục khai báo điện tử và xuất trình đầy đủ các giấy tờ theo quy định. Trường hợp phương tiện đã được cấp phép rời cảng mà vẫn lưu lại tại cảng quá 24 giờ, phải làm lại thủ tục rời cảng theo quy định.
Đối với tàu biển nước ngoài quá cảnh, Thủ tướng quy định, phải cung cấp thông tin về bản khai an ninh chậm nhất 24 giờ trước khi tàu dự kiến đến cảng biển; thông báo tàu quá cảnh chậm nhất 12 giờ từ thời điểm tàu dự kiến đến khu neo đậu chờ quá cảnh; chậm nhất 02 giờ trước khi tàu dự kiến đến vùng đón trả hoa tiêu, phải xác báo tàu quá cảnh. Các chuyến tàu có hành trình dưới 05 ngày, phải cung cấp thông tin về bản khai hàng hóa, vận đơn thứ cấp chậm nhất trước 12 giờ trước khi tàu dự kiến đến khu neo đậu chờ quá cảnh; với tàu có hành trình khác, thời hạn cung cấp thông tin về bản khai hàng hóa, vận đơn thứ cấp chậm nhất trước 24 giờ... Giấy phép quá cảnh điện tử sẽ được cấp chậm nhất 01 giờ kể từ khi người làm thủ tục hoàn thành thủ tục khai báo và gửi hồ sơ điện tử theo quy định.
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/11/2016.