Theo Thông tư này, khoa Vi sinh là khoa có chức năng thực hiện các kỹ thuật xét nghiệm xác định nhiễm vi sinh sinh vật gây bệnh, gồm: Vi khuẩn, vi rút, kí sinh trùng theo phân tuyến chuyên môn kĩ thuật và tham mưu cho Giám đốc bệnh viện về toàn bộ công tác xét nghiệm vi sinh trong bệnh viện, góp phần nâng cao chất lượng chẩn đoán bệnh và theo dõi kết quả điều trị. Đồng thời thực hiện chức năng tham gia bảo đảm an toàn sinh học và an ninh sinh học cho các thành viên trong khoa, môi trường bệnh viện và môi trường xung quanh bệnh viện.
Khoa Vi sinh được bố trí riêng biệt hoặc nằm trong khu xét nghiệm, thuận tiện cho hoạt động chuyên môn, bảo đảm các yêu cầu: Sắp xếp các phòng của khoa liên hoàn, một chiều, hợp lý để bảo đảm công tác chuyên môn và an toàn sinh học, tránh lây nhiễm; Có nơi nhận bệnh phẩm, nơi khử khuẩn; Buồng vệ sinh, buồng tắm có đủ nước sạch, nước nóng cho người làm việc thực hiện vệ sinh, khử khuẩn trước khi ra về; Có nơi thường trực để nhận và thực hiện các xét nghiệm cấp cứu.
Về cơ cấu tổ chức của khoa: Tùy theo điều kiện cụ thể, Bệnh viện thành lập khoa Vi sinh hoặc bộ phận Vi sinh của khoa Xét nghiệm, khoa Hóa sinh - Vi sinh, khoa Huyết học - Vi sinh, khoa Vi sinh - Miễn dịch và bố trí người làm việc phù hợp với nhiệm vụ được giao. Khoa Vi sinh phải có các bộ phận chính sau đây: Bộ phận sản xuất, bảo quản môi trường, sinh phẩm và hóa chất phục vụ xét nghiệm; Bộ phận xử lý bệnh phẩm, bảo quản sinh phẩm, hóa chất và hấp rửa, khử khuẩn; Bộ phận xét nghiệm vi khuẩn (nhận bệnh phẩm, nhuộm soi, nuôi cấy, định danh, kháng sinh đồ, miễn dịch, sinh học phân tử, giữ chủng vi khuẩn hoặc bệnh phẩm); Bộ phận xét nghiệm vi rút (nhận bệnh phẩm, miễn dịch, sinh học phân tử, giữ chủng hoặc bệnh phẩm); Bộ phận xét nghiệm ký sinh trùng (nhận bệnh phẩm, nhuộm soi, miễn dịch, sinh học phân tử, giữ chủng hoặc bệnh phẩm). Riêng phòng xét nghiệm của khoa phải đảm bảo an toàn sinh học, an ninh sinh học; Trang bị các phương tiện phòng hộ cá nhân cho người làm việc; Tập huấn cho nhân viên cách sử dụng, vận hành các máy móc, trang thiết bị bảo đảm an toàn; Khi tiếp xúc với các sinh phẩm có khả năng lây bệnh phải thận trọng, tuân thủ nghiêm ngặt quy định về an toàn sinh học và kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện; Kiểm tra sức khỏe định kỳ cho nhân viên trong khoa; Nhân viên được tập huấn về xử lý sự cố phòng xét nghiệm…
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 03/11/2016