Bên cạnh đó, Thông tư quy định việc khai thác, tận thu gỗ và lâm sản ngoài gỗ đối với chủ rừng là tổ chức, cụ thể như sau:
Chủ rừng là tổ chức tự khai thác hoặc hợp đồng với đơn vị có chức năng để khai thác, thực hiện theo quy định sau: Phát dây leo, cây bụi, mở đường vận xuất, vận chuyển, xây dựng bãi gỗ theo đúng giấy phép và hồ sơ thiết kế khai thác được phê duyệt; chặt hạ đúng những cây có dấu búa bài chặt, cây bài thải.
Sau khi khai thác, cần phải tận thu sản phẩm, thực hiện như sau:
Đối với rừng tự nhiên hoặc rừng trồng bằng vốn ngân sách, vốn viện trợ không hoàn lại: Chủ rừng tự làm hoặc thuê tư vấn điều tra, khảo sát tại thực địa, xây dựng sơ đồ khu khai thác và viết thuyết minh thiết kế khai thác. Sau đó, gửi 01 bộ hồ sơ về Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (gồm: Tờ trình đề nghị, bản thuyết minh thiết kế, sơ đồ khu khai thác tận dụng, tận thu). Trong thời gian 10 ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ hợp lệ, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phê duyệt hồ sơ, cấp phép khai thác tận dụng, tận thu và trả kết quả cho chủ rừng.
Đối với chủ rừng là hộ gia đình, việc khai thác, tận thu gỗ và lâm sản ngoài gỗ được quy định như sau:
Hộ gia đình phát dây leo, cây bụi, mở đường vận xuất, vận chuyển, xây dựng bãi gỗ theo đúng giấy phép và hồ sơ thiết kế khai thác được phê duyệt; chặt hạ đúng những cây có dấu búa bài chặt, cây bài thải. Chiều cao gốc chặt cao nhất tối đa không vượt quá 1 lần đường kính trên mặt cắt của gốc cây còn lại. Trường hợp gốc có bạnh vè được phép chặt trên bạnh vè.
Trường hợp tận thu sản phẩm, thực hiện như sau:
Đối với gỗ rừng tự nhiên hoặc rừng trồng bằng vốn ngân sách, vốn viện trợ không hoàn lại: Chủ rừng tự làm hoặc thuê tư vấn điều tra, khảo sát thực địa, xây dựng sơ đồ khu khai thác và lập bảng dự kiến sản phẩm khai thác. Sau đó, gửi 01 bộ hồ sơ về Uỷ ban nhân dân cấp huyện (gồm: Bản đăng ký khai thác, bảng dự kiến sản phẩm khai thác, sơ đồ khu khai thác). Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ, nếu Uỷ ban nhân dân cấp huyện không có ý kiến thì chủ rừng được khai thác theo hồ sơ đăng ký.
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 04/7/2011, thay thế Quyết định số 40/2005/QĐ-BNN ngày 07 tháng 7 năm 2005 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về việc ban hành Quy chế khai thác gỗ và lâm sản khác.