Mức thu phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô là 100.000 đồng/tấn; đối với khí thiên nhiên, khí than là 50 đồng/m3. Riêng khí thiên nhiên thu được trong quá trình khai thác dầu thô (khí đồng hành) là 35 đồng/m3. Các loại quặng có mức thu phí từ 20.000 đồng đến 70.000 đồng/tấn, riêng quặng vàng, bạch kim, bạc, thiếc, chì, kẽm, co - ban, ma - nhê, thuỷ ngân có mức thu phí từ 180.000 đồng đến 270.000 đồng/tấn. Khoáng sản không kim loại (như đá ốp lát, quặng đá quý kim cương, ru - bi, sa-phia, thạch anh tinh thể, đá làm vật liệu xây dựng, cát vàng, cát thuỷ tinh, đất sét, sỏi, than nước khoáng thiên nhiên,…) có mức thu phí từ 500 đồng đến 90.000 đồng/tấn (trước đây chỉ quy định mức phí tối đa mà không quy định mức phí tối thiểu).
Mức phí bảo vệ môi trường đối với khoáng sản tận thu bằng 60% mức phí của loại khoáng sản tương ứng.
Hội đồng nhân dân cấp tỉnh quyết định cụ thể mức thu phí bảo vệ môi trường đối với từng loại khoáng sản áp dụng tại địa phương cho phù hợp với tình hình thực tế trong từng thời kỳ.
Phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, không kể dầu thô và khí thiên nhiên là khoản thu ngân sách địa phương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi tường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản. Phí bảo vệ môi trường đối với dầu thô và khí thiên nhiên là khoản thu ngân sách trung ương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường theo quy định của Luật bảo vệ môi trường và Luật ngân sách nhà nước.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2012 và thay thế các Nghị định số 63/2008/N Đ-CP ngày 13/5/2008 và Nghị định số 82/2009/NĐ-CP ngày 12/10/2009 của Chính phủ về phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản.