Trong hoạt động thanh tra hành chính, Nghị định quy định: Đối với vụ việc phức tạp, liên quan đến trách nhiệm quản lý của nhiều cơ quan, đơn vị; căn cứ kế hoạch thanh tra, Bộ trưởng, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Giám đốc sở, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp huyện ra quyết định thanh tra và thành lập Đoàn Thanh tra để thực hiện nhiệm vụ thanh tra. Đối với vụ việc đặc biệt phức tạp, liên quan đến trách nhiệm quản lý của nhiều cấp, nhiều ngành; căn cứ kế hoạch thanh tra, Bộ trưởng, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Giám đốc sở, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp huyện tra quyết định thanh tra và thành lập Đoàn thanh tra liên ngành để thực hiện nhiệm vụ thanh tra.
Đối với hoạt động thanh tra chuyên ngành sẽ do Thanh tra Bộ, thanh tra sở, cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành tiến hành; thực hiện theo trình tự, thủ tục quy định tại Luật Thanh tra, Nghị định này và Nghị định quy định về cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành và hoạt động thanh tra chuyên ngành.
Việc thanh tra lại sẽ được thực hiện khi có một trong những căn cứ: Có vi phạm nghiêm trọng về trình tự, thủ tục trong tiến hành thanh tra; có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật khi kết luận thanh tra; nội dung kết luận thanh tra không phù hợp với những chứng cứ thu thập được trong quá trình tiến hành thanh tra; người ra quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra, Thanh tra viên, công chức được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành cố ý làm sai lệch hồ sơ vụ việc hoặc cố ý kết luận trái pháp luật hoặc có dấu hiệu vi phạm pháp luật nghiêm trọng của đối tượng thanh tra chưa được phát hiện đầy đủ qua thanh tra.
Đối với quản lý nhà nước về công tác thanh tra, Nghị định quy định: Chính phủ thống nhất quản lý nhà nước về công tác thanh tra trong phạm vi cả nước. Thanh tra Chính phủ chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về công tác thanh tra trong phạm vi thẩm quyền của Chính phủ. Các Bộ, cơ quan ngang Bộ, Ủy ban nhân dân các cấp thực hiện quản lý nhà nước về công tác thanh tra trong phạm vi quản lý của mình; hướng dẫn, đôn đốc, kiểm tra các cơ quan, tổ chức do mình quản lý trong việc thực hiện pháp luật về thanh tra; thực hiện chế độ báo cáo về công tác thanh tra theo quy định.
Nghị định này có hiệu lực kể từ ngày 15/11/2011 và thay thế Nghị định số 41/2005/NĐ-CP ngày 25/3/2005 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thanh tra; Nghị định số 61/1998/NĐ-CP ngày 15/8/1998 của Chính phủ về công tác thanh tra, kiểm tra doanh nghiệp hết hiệu lực thi hành.